南宋时期，国子监、太学、州县的学校都陆续恢复建立。但官学的教育水平难以提升，士人“视庠序如传舍，目师儒如路人；季考月书，尽成文具。”他们很多投入书院门下。同时，到了南宋，理学已经发展成熟，出现了许多学派，如朱熹的闽学、张栻的湖湘学、以陆九渊的心学、陈亮的永康之学、叶适的永嘉之学、吕祖谦的婺学等。各大学派纷纷在书院进行讲学，宣传自己的主张，大大提高了书院的学术水平，也提高了书院对学子的吸引力。南宋时期的四大著名书院是白鹿洞书院、岳麓书院、象山书院和丽泽书院。
宋朝的书院不仅数量庞大，名声显赫，而且还形成比较成熟的规章制度。如在管理上，设置了山长、洞主、院长、堂长等职，负责书院管理和教学工作。书院的教学理念也已经形成。如朱熹在在白鹿洞书院颁布了《白鹿洞书院揭示》，成为了书院的宗旨，影响深远。
另外，该时期的书院开始被纳入了官学的体系。首先，国家也十分支持书院的发展，设置了“学田”用来作为书院的经费。如此，许多书院就成为了官方控制的教育机构。第二，部分书院的主人将书院捐赠给国家，以谋求一官半职，这样一些书院就成为了官方的书院。实际上，各个书院所的讲的内容基本都是儒家的经典，因此书院所宣传的思想和官方的思想也是一致的，这也就是书院官学化的一个重要因素。
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