Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomics

2020 年发表在 Nature 上。

全基因组测序为生命之树的构建和生物多样性的评估增加了许多可用的数据。之前的研究已经表明，如果在各类群间的采样分散的话，会使系统发育关系的结果不准确，并且在多样性的分析中只能了解基因组多样性的一小部分。

研究者们对来自鸟类 92.4% 的科的 363 个基因组进行分析，其中包括 267 个在 Bird 10,000 Genomes (B10K) Project 中新测序的基因组。研究者们使用不需要全基因组参考序列的比对方法，研究了各鸟类支系的同源区域并且发现比已发表的要多很多。

密集取样的比对（密集取样指的是多个类群都有样品）让我们能够在单碱基水平上研究选择，并且发现了比已发表的两倍还要多的保守位点，以及非编码 DNA 中的弱的选择作用。

研究表明，在比较分析中提高使用的基因组的多样性能够让我们了解更多的共有的、以及支系特异的 variation，并且帮助我们了解基因组 characteristics。

研究结果能够帮助跨物种比较分析、以及物种的保护。

Fig. 1 Newly sequenced genomes densely cover the bird tree of life.The 10,135 bird species 11,12 are shown on a draft phylogeny that synthesizes taxonomic and phylogenetic information36 (Supplementary Data). In total, 363 species, covering 92.4% of all families, now have at least 1 genome assembly per sequenced family (purple branches). The grey arc marks the diverse Passeriformes radiation, with 6,063 species, of which 173 species have genome assemblies now. Chicken (*) and zebra finch (**) are marked for orientation. Paintings illustrate examples of sequenced species.