下載SRA数据

作者: 余绕 | 来源:发表于2024-06-17 22:09 被阅读0次

【转录组02】转录组数据下载
SRA-tools安装使用（Windows为例）
自编SRA数据高速下载脚本
转录组分析——三、sra转换成fastq
上传序列数据到SRA
SRA Toolkit的使用和安装
从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据
转录组（3）：了解fastq测序数据
SRA数据(1)------SRA数据下载
生信笔记1-SRA Toolkit的下载和使用

1.登录网站：ENA Browser (ebi.ac.uk)

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/

image.png

2. 输入SRA号，搜索fq文件，copy链接

image.png

3. aria2c下载数据

 aria2c -d  CK/  ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR006/DRR006681/DRR006681.fastq.gz  >  output.log 2>&1 &

output.log 2>&1 & 表示输出文件转向output.log，并挂在后台运行。

【转录组02】转录组数据下载
从上到下依次是：名字，物种，实验类型，对整个文章的概述从GEO数据库中得到SRA的数据编号数据下载 sra下载...
SRA-tools安装使用（Windows为例）
安装SRA-tools下载SRA数据下载SRA、GEO中的测序数据，可以使用prefetch，prefetch安...
自编SRA数据高速下载脚本
每次在SRA上面下数据都要打命令，太烦了，于是自己写了个小shell脚本，能够快速地下载并解压SRA数据，方便使用...
转录组分析——三、sra转换成fastq
一、背景知识 1、sra数据 sra数据是SRA数据库用于储存二代测序数据的原始数据的一种压缩格式，这种数据格式不...
上传序列数据到SRA
笔记内容：SRA是什么，点解要向它上传序列数据上传之前的准备如何上传 SRA是什么，点解要向它提交序列数据 SRA...
SRA Toolkit的使用和安装
从NCBI上下载SRA原始数据，使用SRA TOOLKIT 进行下载和转化。 1. 下载SRA Toolkit （...
从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据
NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI ...
转录组（3）：了解fastq测序数据
学习目标：前面下载了SRR3589956.sra-SRR3589962.sra的RNA-seq数据，本次用sra...
SRA数据(1)------SRA数据下载
一.prefetch下载：安装SRA Toolkit： 1.下载Toolkit：进入下面的网址，选择适合自己电脑...
生信笔记1-SRA Toolkit的下载和使用
介绍 SRA Toolkit是下载NCBI SRA数据库文件的下载和转换为fastq的工具 SRA Toolkit...