如今，越来越多的人们开始意识到MES的重要性，并将MES用在个企业的生产管理中，实现ERP与控制系统之间的信息沟通。MES的应用对制造业的产业升级有重要意义，是拉动企业竞争力的有利因素。
而另一方面，我国经济的高速发展也带来了许多生产制造上的问题。同时随着我国工业自动化水平的提高，利用自动化手段实现生产企业运营的某一目标已经被广大企业所重视。在近一段时间里，就有企业成功的运用MES进行生产制造中，并取得了不错的效果。但是，MES在运用中也存在很多不足。普及推广任重道远。
MES应用的仍不足
随着国内制造型企业对MES认识的不断提高，MES的应用已经取得了长足的进展。但仍然存在很多的不足，主要表现为：
1、重控制，轻管理。
MES处于企业信息化系统ERP-MES-PCS三层架构的中间层，起到把企业管理目标分解下达，横向打通连带工序的重要作用，具有管理与控制的双重功效；但国内很多人更重视MES与底层自动化的集成与控制，往往忽视了其重要的管理功能，使得MES管控一体成为一句空话。
2、重局部，轻集成。
很多企业针对生产的突出问题，研究开发了很多的单项功能的系统，比如：生产调度系统，高级优化排产系统和仓库系统等，却不注意系统数据的集成，形成了很多的信息孤岛，影响了MES的发展。而大量事实证明，只有产销一体的集成化MES才会取得管理的提升。
3、重平台，轻应用。
由于MES具有非常强烈的行业特征，需要很深的行业背景，所以，很多开发商往往只注重计算机平台技术研究与开发，而无法在行业应用上下功夫。
4、重案例，轻标准。
当前国内外已经制定了许多MES的推荐标准。然而，国内开发商以及企业在实施MES时，很少关注标准的指导作用，这使得国内MES产品五花八门，不利于MES的推广及应用。
将现场制造管理与能源管理相结合，以及在MES基础上的优化管理（比如：动态调度，一体化计划和动态成本控制技术等）功能在未来市场上具有很大的发展空间。
推广的道路曲折
MES的市场已经成长起来，其重要性不言而喻。目前MES很多应用都部署在资金雄厚的制造企业，像电子装配，汽车，冶金和烟草等。这类企业的市场变化以及产品更迭，对产品质量、企业的灵活制造能力和现场管理要求很高。
制造业所包含的流程和离散两大类型行业中，流程行业的MES应用是因为其基础自动化水平高，决定了可视化水平的能力更强，MES更加侧重解决计划的问题。这个时候的计划问题是如何利用有限的设备生产更多的产品。
很多的离散制造业，如装备制造业和航空航天业，其MES是用来对质量和操作规范的遵循并做电子记录，可对装配过程进行后续的追溯和查询等。MES在离散制造业体现最突出的价值是提高生产流程可视化和可追溯能力。
目前阻碍MES推广最大的问题是，一些企业的IT管理人员仍旧站在ERP角度思考MES确实比较困难，ERP关注更多的业务流程，思考的是企业的运行和管理问题，MES关注更多的是制造数据、过程。思考的是设备运行，订单执行，生产效率的问题。所以有效、逻辑的数据决定了MES应用成败的关键。
建立MES时要考虑生产数据采集，经常要建立独立的网络结构，与企业商业主干网有所区分。
另外，从目前MES的发展来看，供应商对功能模块关注的较多，对项目实施和部署的方法论关注的较少。而MES的实施、部署、开发、运行和优化的方法论（Methodology）对于最后实现的效果会有很大的影响。这导致用户对于MES的价值和定位产生误解，或者无法确立很坚定的应用信念。
MES供应商有各自擅长的领域，如有的MES的优势领域在于MMM领域（Metal冶金，Mineral建材和Mining矿业），例如钢铁、煤炭和金属矿等。该行业是生产设备密集，对设备的运行效率、班组管理和报警管理要求非常高，MES系统帮助通过加大地缩短停机时间，提高生产效率，带来巨大的经济效益。另外MES在装备制造业也有完整的解决方案，包括再制品的的追踪、绩效管理、工时管理和生产管理等。
企业选择MES时，最主要的不是挑选供应商，而是确定项目目标。第二，通过顾问咨询可以帮助企业确立项目标杆，透过标杆体现系统的价值。第三，MES系统需要随着企业的变化不断优化，这样可以不断提高MES适用性和延伸MES生命力。
中国很多企业处于亚健康状态，其特征是“三高”即高交期、高库存、高成本。精益生产、MES、APS、供应链优化是消除企业三高的良方，建立高效的计划执行架构体系，实现卓越制造。
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