Comprehensive Genomic Profiling of EBV-Positive Diffuse Large B-cell Lymphoma and the Expression and Clinicopathological Correlations of Some Related Genes.全文
病毒与肿瘤分析思路
二代测序：EBV+ DLBCL和EBV- DLBCL的遗传变异
1）对近两年 40个FFPE的样本进行NGS：10个EBER-positive样本(有50%以上肿瘤细胞和<10%坏死组织的完整标本)和随机选择的30个EBV-negative样本
2）对9个EBV+ DLBCL和6个EBV-negative DLBCL样本进行了靶向测序，平均深度>1000
荧光原位杂交（FISH）：细胞遗传学研究
免疫组织化学（IHC）：检测重要基因
将基因表达与DLBCL患者的临床病理学特征进行关联
图1. EBV +和EBV阴性DLBCL组的突变谱。（A）9个EBV + DLBCL和6个EBV阴性DLBCL的遗传变异的分布和频率。 突变的类型和不同的临床因素以不同的颜色标记。 （B）具有潜在靶向治疗的基因突变。 EBV +和EBV阴性DLBCL队列中的频繁突变基因和潜在靶标通过指示可能的靶向治疗来突出显示。 （C）饼图显示EBV + DLBCL中不同类型的体细胞突变的百分比。 （D）EBV + DLBCL标本之间的突变途径分布。 不同的颜色代表不同的突变途径和百分比
图2. EBV + DLBCL的GO和KEGG分析。（A）EBV + DLBCL中前20个GO富集的生物信息学分析。 （B）EBV + DLBCL中前15个KEGG途径富集的生物信息学分析。 （P值表示基因中GO项富集的重要性，并通过使用Benjamini和Hochberg方法进行调整以避免假阳性，并且P <0.05被视为显着富集）。
图3. EBV +和EBV阴性DLBCL标本的FISH和IHC染色。 以EBV +和EBV阴性DLBCL进行FISH的例子（A），FISH分析显示使用双色断裂分开重排探针，break--在c-MYC（a），BCL2（b）和BCL6（c）位点进行了重排。 用白色箭头示例性地突出显示了DLBCL核中分开的信号； FISH增加了BCL6的拷贝（d）。 EBV +和EBV阴性DLBCL标本中KMT2D和MYC的免疫组织化学染色（B），（a）KMT2D低表达（IHC，×400）; （b）KMT2D的高表达（IHC，×400）； （c）MYC的低表达（IHC，×400）； （d）MYC高表达（IHC，×400）。 （C）条形图，显示EBV +和EBV阴性DLBCL队列中KMT2D表达的百分比。 （D）条形图显示了EBV +和EBV阴性DLBCL队列中MYC表达的百分比。
(MYC和 KMT2D是两类样本中差异最显著的突变基因)
表2. EBV + / EBV- DLBCL患者中KMT2D和MYC的表达。
总结：
本文识别出了EBV+ DLBCL和EBV-negative DLBCL间存在的差异分子特征：EBV+ DLBCL样本中的凋亡和NF-κB信号通路以及MYC和RHOA基因的突变率较高；FISH结果显示，在EBV+ DLBCL样本中，C-MYC, BCL6和BCL2的重组率较低；在EBV阳性和阴性中，KMT2D的高表达都与生存低下有关；此外，MYC在EBV+DLBCL群体中高表达，且影响预后。
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