1945年8月，日本侵略者宣布无条件投降，八年艰苦卓绝的抗战结束。
梅贻琦曾把清华比做一条大船，漂流在惊涛骇浪中，他相信不久就要天明风定，那时，他一定要把清华这条大船开回清华。
烽火连天的战争终于结束了，漫卷诗书喜欲狂！天明风定！梅贻琦终于盼到了“驱除仇寇复神京”的伟大时刻。
梅贻琦要把全力投入到这个任务当中去，把清华之船开回清华园，向清华的同人、校友说一声“幸告无罪”。
梅贻琦奔波在昆明和重庆之间奔波，筹谋复员大计，一开始他信心满满，踌躇满志，可渐渐却惶惶不安，政局的发展令他对发展教育的愿望蒙上了阴影。
他在日记中写道：“国共问题不得解决，则校内师生意见更将分歧，民主自由如何解释？学术自由如何保持？使人忧惶、、、、数年之内将无真正教育可言也”。
紧接着一二一惨案爆发，昆明上千学生游行被镇压。半年后，闻一多被杀害。此时的梅贻琦更加焦虑，政局渺茫，一向主张学术自由的他对未来教育的发展更加看不到希望。
1946年3月11日，他独自一人在庭院里修整花草，发出慨叹说：“从事教育逾三十年，近来颇感失望。”
政局动荡，清华动荡，但梅贻琦最终还是把清华船开回了清华园。看着满目疮痍百废待兴的清华园，梅贻琦制定了周详的整修计划。
一切都好像在走上正规，清华逐渐在恢复，然而清华师生并不知道他们的校长正在悄然做好了告别清华的准备。
1948年12月，华北局势急转直下，北平解放围城战斗开始。梅贻琦着手为离开做准备，在北平城里设立了“校产保管小组”，把一批重要账目和屋子转移到城里。请校务会议代理校务，冯友兰先生为主席，暂主持校务，设法维护校产及师生安全。
1948年12月21日，他乘上了南下的飞机，只带了手提打字机一架，神情凄怆，与他守护了半生的清华园，永别了。
很多人不理解，他为什么要离开清华园。
梅贻琦在离校时，曾对吴泽霖说，他的走主要是为了保护清华的基金。这是他本人的解释，后来得到了证实，他临终前，病床下面一直放着一个加锁的皮包，里面全是清华基金的账目。
后来梅贻琦辗转去了香港，美国，1955年才去台湾。他告诉叶公超：“我不愿意把清华的钱去盖大房子，去做表面的工作，我什么时候想好了如何使用这笔钱，才回去”。
1955年11月，梅贻琦抵达台湾筹备“清华大学原子科学研究所”。当局多次希望把它更名为清华大学，梅贻琦始终不同意，他心中只有一所清华大学，它在北平清华园。
梅贻琦常年劳累，身患癌症。1962年，胡适突然去世，梅贻琦伤感异常，竟开始高烧，医药失灵，5月19日，溘然长逝，享年73岁。
他的墓园选在新竹清华校园十八尖山之麗，可以遥望他生斯长斯的清华故园。海内外校友每到新竹必住谒“梅园”，当地人士每日清晨多往凭吊，几十年如一日，俨成新竹清华校园名胜。
(当年，梅贻琦的离开，很多人不理解，甚至进行批判，许多年不愿提及他肯定他，有的人说他是为了保护清华基金，有的是人说他是为了学术自由。然而真正的原因是什么，没有肯定的答案。梅贻琦想必也有他的苦衷。但是我们必须承认梅贻琦作为一个教育大家的伟大之处，他的教育思想至今仍值得学习和尊敬！)
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