一、用deeptools从bam转换为bw（接续day23）

1. 安装

pip install deeptools
曾用pip这个命令安装过cupadapt，multiqc。但MACS2没成功，最后本地安装成的。今天这是第四个python程序，理论上也可以用pip安装。

image.png

这次安装成功，我注意到了命令执行的第一行，默认为用户安装。也许是MACS2没有默认是用户安装，结果给弄到root下面，就没有权限安装啦。

2. 用deeeptools里的bamCoverage把bam转成bw格式。bam文件需要先做好index，就是有bai文件。转换也挺耗时的。

project=/data/zds209/ChIP-seqtest
ls $project | if [ ! -d bw ]; then 
                       mkdir -p $project/bw; # if no bw dir,then make the dir
                       fi
ls $project/bam/*.bam | while read id
do
file=$(basename $id)
sample=${file%%.*} 
bamCoverage -b $id -o $project/bw/$sample.bw
done

二、选择查看目录下文件的小技巧

ls -lh | cut -d " " -f 5-100
该目录下文件只查看详细列表里第五列后面的内容。

ls -lh | grep "pile"
该目录下文件，只查看文件名里有pile的。

三、IGV进行可视化

1.bam文件导入IGV（必须有index），可以看到track里面每个read的大小，位置，甚至突变。

bw（bigwig）文件是从bam转来的也可以。看不到每个read独立的信息了。只能看到某个位置有没有read，以及深度。
上面bam或者bw都是从测序fastq，转成sam，再转成bam和bw的。

2. bed和bedgraph（bdg）文件是通过call peak来的。

IGV也可以看bed——这是和control进行对照以后，算出来的peak的位置。
而bdg文件很难用IGV打开，需要用IGVtools转成tdf格式。