IGV的使用

IGV全平台数据可视化工具。
参考1
IGV官方地址
参考2
IGV支持二次开发，包括js和python版。
读取bam 文件。对于拼接的bam文件的结果进行可视化。
例如：
拼接完成后的bam文件是WT-1.map.bam,使用samtools排序建立索引文件WT-1.map.bam.bai

#上述例子实现的代码
samtools index -@ 8 WT-1.map.bam WT-1.map.bam.bai &
#使用8个进程,对bam文件进行索引构建。

从sam文件到bam.bai

samtools sort -@ 8 -o WT-1.map.sam  WT-1.map.sam
samtools index -@ 8 WT-1.map.bam WT-1.map.bai

IGV导入基因组和bam文件。
genomes>load from file 选择对应的基因组参考文件
file>load from file 选择对应的bam文件

IGV常见的问题：
1.IGV的打开方式
igv是用Java编写的软件。所以需要先安装Java并配置环境变量PATH.
然后下载igv桌面应用程序，解压缩，直接打开igv.bat或igv.sh都可以运行。
2.IGV打开文件错误
IGV打开的文件的路径必须是纯英文，igv路径最好也是纯英文。且文件夹中最好不要有中文名字的文件。
igv打开文件需要有索引。可以使用samtools index构建。

3. 打开igv之后，为什么没有看到碱基片段呢？
   首先选择对应的染色体，右侧的标尺倍数一般是18kb-36kb之间时，移动最上面的光标所在的位置，即可看到相关信息。或者直接指定染色体的位置。查看目标区段的差异。
   因为RNA-seq的结果是转录信息，所以只显示的是编码区的信息。内含子的信息不显示。所以大部分区域没有碱基信息。

   
   示例