怒，命倒曳之。元忠曰：“我薄命，譬如坠驴，足絓于镫，为所曳耳。思止愈怒，更曳之，元忠曰：“侯思止，汝若须魏元忠头则截取，何必使承反也！”
左台中丞来俊臣罗织罪名告发同平章事任知古、狄仁杰、裴行本、司礼卿崔宣礼、前文昌左丞卢献、御史中丞魏元忠、潞州刺史李嗣真谋反。这以前，来俊臣曾奏请太后下命令：一经审问即承认谋反的人可以减免死罪。等到任知古等入狱，来俊臣便用这道命令引诱他们认罪。狄仁杰回答说：“大周改朝换代，万物更新，唐朝旧臣，甘愿听任诛戮。谋反是事实！”来俊臣便对他稍加宽容。来俊臣的属官王德寿对狄仁杰说：“您一定能减免死罪了。我已受人指使，想略找一个升迁阶梯，烦您牵连杨执柔，可以吗？”狄仁杰说：“天神地神在上，竟要狄仁杰干这种事！”说完一头撞在柱子上，血流满面；王德寿害怕因而向他道歉。
侯思止审讯魏元忠，魏元忠义正词严不屈服；侯思止大怒，命令在地上倒着拖他。魏元忠说：“我命运不好，譬如从驴背上掉下来，脚挂在足镫上，被驴拉着走。”侯思止愈加发怒，命令接着拖他。魏元忠说：“侯思止，你如果需要我魏元忠的脑袋就砍下，何必让我承认谋反呢！”
狄仁杰已承认谋反，有关部门只等待判罪执行刑罚，不再严加防备。狄仁杰便从被子上撕下一块帛，书写冤屈情况，塞在绵衣里面，对王德寿说：“天气热了，请将绵衣交给我家里人撤去丝绵。”王德寿同意。狄仁杰的儿子狄光远得到帛书，拿着去说有紧急情况要报告，得到太后召见。武则天看了帛书，质问来俊臣，他回答说：“狄仁杰等入狱后，我未曾剥夺他们的头巾和腰带，生活很安适，假如没有事实，怎么肯承认谋反！”太后派通事舍人周綝前往查看，来俊臣临时发给狄仁杰等头巾腰带，让他们排列站立在西边让周綝验看；周綝不敢向西看，只是面向东边唯唯诺诺而已。来俊臣又伪造狄仁杰等的谢死罪表，让周綝上奏太后。
乐思晦的儿子未满十岁，被籍没入司农寺为奴，要求上告特别情况，获得太后召见。太后问他有什么情况，他回答说：“我父亲已死，家已破，只可惜陛下的刑法为来俊臣等所玩弄，陛下如果不相信我说的话，请选择朝臣中忠诚清廉、陛下一贯信任的人，提出他们谋反的罪状交给来俊臣，他们没有不承认谋反的。”太后听后稍有醒悟，召见狄仁杰等，问道：“你承认谋反，为什么？”回答说：“不承认，便已经死于严刑拷打了。”太后说：“为何作谢死罪表？”回答说：“没有。”太后出示所上的奏表，才知道是伪造的，于是释免这七个家族。庚午（初四），任知古降职为江夏县令、狄仁杰降职为彭泽县令、崔宣礼降职为夷陵县令、魏元忠降职为涪陵县令、卢献降职为西乡县令；流放裴行本、李嗣真于岭南。
来俊臣与武承嗣等仍坚持请求处死他们七个人，太后不答应。来俊臣便又特别提出裴行本罪恶尤其严重，请处死他；秋官郎中徐有功予以反驳，以为“英明君主有使臣下再生的恩惠，来俊臣不能顺势促成，有损君主恩信。”殿中侍御史贵乡人霍献可是崔宣礼的外甥，对太后说：“陛下不杀崔宣礼，我请求死在陛下眼前。”他一头撞在宫殿台阶上，流血浸湿地面，用以表示作臣下的不袒护自己的亲戚。太后都不听从。霍献可时常用绿帛包扎伤口，略为显露于帽子下面，希望太后看见认为他忠诚。
甲戌（初八），补阙薛谦光上疏认为：“选拔人才的办法，应该使朝廷能得到有真才实学的人，录取和舍弃什么样的人，关系到国家的教化。现今选拔人，都赞许自求举荐，于是奔走门路，相互争胜，自己大吹大擂而无愧色。至于人才是应该能治理国家的，却只让试策文；武官必须能克敌制胜，却只考弯弓射箭。从前汉武帝读了司马相如所作的《子虚赋》，恨不能与他同时，等到得知他是当代人，安置他在朝廷，最终只让他担任汉文帝的陵园令，这是知道他不能胜任公卿职务的缘故。吴起将出战，身边的人递给他剑，吴起说：‘为将的任务是提战鼓挥动鼓槌，临阵解决疑难问题，使用一把剑的任务，不是为将的事情。’如此说来，徒有文才如何足以辅佐时政，善于射箭如何足以克敌制胜！关键在于对文官要考察他的品行和能力，对武官要看他的勇气和谋略，考核当官时政绩的好坏，对举荐人施行赏罚而已。”
来俊臣向左卫大将军泉献诚索取钱财，没有达到目的，便诬陷他谋反，逮捕入狱，乙亥（初九），他被吊死。
庚辰（十四日），司刑卿、检校陕州刺史李游道任冬官尚书、同平章事。二月，己亥（初三），吐蕃党项部落一万余人归附唐朝，被分别安置在十个州。
戊午（二十二日），朝廷任命秋官尚书袁智弘为同平章事。 夏季四月，丙申（初一），朝廷大赦天下罪人，更改年号为如意。
五月，丙寅（初一），朝廷禁止天下屠杀牲畜及捕捞鱼虾。江、淮间旱灾，发生饥荒，百姓不得捕鱼虾，饿死的人很多。右拾遗张德，生儿子三天，私自杀羊宴请同事，补阙杜肃怀揣宴席上的一些食物，上表告发。第二天，太后临朝听政，对张德说：“听说你生儿子，很高兴。”张德拜谢。太后说：“从哪里弄来的肉？”张德叩头认罪。太后说：“朕禁止屠宰牲畜，有吉凶事不干涉。但你今后请客，也需要选择人。”说完拿出杜肃的奏表给他看。杜肃十分惭愧，举朝文武官员都想啐他的脸。
吐蕃酋长曷苏率领部落请求归附唐朝，朝廷任命右玉钤卫将军张玄遇为安抚使，领精卒二万迎接他。六月，唐军到大渡水西边，曷苏归附唐朝的事情泄露，被本国人擒拿。别部酋长昝捶率领羌蛮八千余人归附唐朝，张玄遇将他的部落安置在莱川州后，便撤军了。
辛亥，万年县主簿徐坚上疏认为：“古书记载审案实行听词、听色、听气、听耳、听目等‘五听’，贞观年间有死罪经三次复奏才行刑的命令。臣看见近来有命令审讯谋反者，让使者审得事实，立即判决处死。人命至关重要，死后不能复生，万一含冤，被灭族而怀怨不敢出声，岂不令人痛心！这样做不足以肃清恶人和叛逆，彰明常刑，恰好助长一些人擅权枉法，使人们产生疑惧。臣希望杜绝这种处理办法，依法复奏再行刑。还有，任用法官，应当加以选择，有执法宽大公平，为百姓所称赞的，希望亲近而任用他；有处理事情峻刻严酷，不孚众望的，请疏远而斥退他。”徐坚是徐齐聃的儿子。
夏官侍郎李昭德私下对太后说：“魏王武承嗣权太重。”太后说：“他是我的侄儿，所以任为亲信。”李昭德说：“侄儿对于姑姑，怎么能比得上儿子对于父亲亲近？儿子还有杀死父亲的，何况侄儿呢！现在武承嗣既是陛下的侄儿，是亲王，又任宰相，权势与君主等同，臣恐怕陛下不能久安于天子之位！”太后震惊地说：“朕没有想到这点。”秋季，八月，戊寅（十六日），朝廷任命文昌左相、同凤阁鸾台三品武承嗣为特进，纳言武攸宁为冬官尚书，夏官尚书、同平章事杨执柔为地官尚书，一并罢去相职；任命秋官侍郎新郑人崔元综为鸾台侍郎，夏官侍郎李昭德为凤阁侍郎，检校天官侍郎姚璹为文昌左丞，检校地官侍郎李元素为文昌右丞，与司宾卿崔神基并任同平章事。姚璹是姚思廉的孙子；李元素是李敬玄的弟弟。辛巳（十九日），朝廷任命营缮大匠王璿为夏官尚书、同平章事。武承嗣也向太后诋毁李昭德，太后说：“朕任用李昭德，才睡得安稳，他可以为我代劳，你不要说了。”当时，酷吏恣意横行，百官畏惧他们，不敢正面站立，只有李昭德敢于在朝廷揭露他们的邪恶。太后迷信祥瑞，有人进献有赤色花纹的白石，主管官员责问他这石头有什么特别之处，回答说：“因为它的心忠诚。”李昭德大怒说：“这块石头的心忠诚，其他石头全都造反吗？”身边的人都发笑。襄州人胡庆用红漆在龟的腹部书写“天子万万年”几个字，到皇宫门口进献。李昭德用刀把字刮除净尽，奏请将进献者法办。太后说：“这个人用心并不坏。”命令释放他。
太后训练猫，让它和鹦鹉在一起。有一次拿出向百官展示，传看还未完毕，猫饿了，捕捉鹦鹉而食，太后为此很羞愧。
太后自垂拱年间以来，任用酷吏，首先处死唐朝皇族和贵戚数百人，然后杀大臣数百家，杀刺史、郎将以下官吏更数不清。每任命一名官吏，宫中守门的官婢便私下互相说道：“作鬼的材料又来了。”不满一个月，这些官吏即遭突然逮捕，举族被杀。监察御史朝邑人严善思公正耿直敢说话。当时告密的人多到数不清，太后也厌烦，命令严善思查问，结果承认诬告服罪而死的有八百五十余人。罗织罪名害人的集团为之丧气，他们便共同诬陷严善思，结果他被流放州。太后知道他冤枉，不久又召他回来担任浑仪监丞。严善思名叫譔，字善思，人们习惯称呼他的字。
右补阙新郑人朱敬则认为太后的本意是用刑罚来禁止不同意见，现在既已登上帝位，人心也已安定，就应减省刑罚，崇尚宽大，于是上疏认为：“李斯辅助秦国，用刻薄欺诈手段屠杀诸侯，不知道及时改变为宽大温和，终于土崩瓦解，这是不知道变化的祸害。汉高祖平定天下，陆贾、叔孙通说服他施行礼义，结果皇位传了十二代，这是知道变化的好处。自文明年间帝业初创，一切刚刚开始，韩王、霍王等三位皇叔散布流言，徐敬业等四个元凶制造祸乱，这时候不用手段套出实情，不能应天命顺人心，不亲近法家的刑名之学，不能摧毁邪恶止息暴乱。所以设铜匦，开告密之门，使或曲或直的形影必然显现出来，包藏着的阴谋全部暴露，结果神明帮助正直之人，罪恶尽除，百姓安定，帝位转移。但快走不会有完整的脚印，短的琴柱奏不出和声，过去的妙策，成了当今的无用之物。恳切希望看看秦、汉的得和失，考察当前的事怎样办才合适，哪些属于糟粕可以遗弃，发现那些一时有用过后即需破除的东西，去掉诬陷者的牙和角，挫去邪恶阴险者的锋芒，堵塞罗织罪状的源头，扫除结党营私的痕迹，使天下百姓无忧无虑，岂不快乐！”太后赞许他的话，赏赐他帛三百段。
侍御史周矩上疏说：“审问犯人的官吏都以残暴相夸耀，泥塞耳朵，笼罩脑袋，用重枷磨脖颈，在头上加箍再打进楔子，打折胸骨，手指钉竹签，吊头发，薰耳朵，号称为‘狱持’。或者多日减少供应食物，通宵审问，昼夜摇撼，不让睡觉，号称为‘宿囚’。犯人既不是木石，为避免眼前的痛苦，便姑且认罪谋求晚一点死去。臣私下听到的舆论，都说天下太平，有什么必要造反？难道被告发的人全是英雄，想谋取帝王的地位吗？只是受不住酷刑，被迫认罪罢了。希望陛下考察。如今满朝百官坐卧不安，都以为陛下早上同他们亲近，晚上即与他们成为仇敌，难以保全性命。周朝行仁义而昌盛，秦朝用刑罚而灭亡。愿陛下减缓刑罚，施行仁义，则天下百姓就很幸运了！”太后颇采纳他的意见，特种监狱的囚犯逐渐衰减。
太后年岁虽大，但善于自己修饰容貌，即使她左右的人也感觉不出她衰老。丙戌（二十四日），下诏说因自己牙齿脱落后又长出新牙，九月，庚子（初九），到则天门宣布赦免天下罪人，更改年号；又改于九月祭土神。太后下令在并州设置北都。
癸丑（二十二日），同平章事李游道、王璿、袁智弘、崔神基、李元素、春官侍郎孔思元、益州长史任令辉，都因被王弘义诬陷，流放岭南。
左羽林中郎将来子珣因事获罪流放爱州，不久去世。当初，新丰人王孝杰跟从刘审礼进攻吐蕃任副总管，与刘审礼一起沦落于吐蕃。吐蕃赞普见到王孝杰，哭泣说：“相貌像我父亲。”因此给予他优厚的待遇，后来终于得以返回，连续升官至右鹰扬卫将军。王孝杰长期在吐蕃，知道他们的情况。正好西州都督唐休璟请求再收复龟兹、于阗、疏勒、碎叶四镇，太后便下诏任命王孝杰为武威军总管，与武卫大将军阿史那忠节领兵进攻吐蕃。冬季，十月，丙戌（二十五日），唐军大败吐蕃，又攻下四镇。朝廷设置安西都护府于龟兹，派兵戍守。
长寿二年（癸巳，公元693年）正月（前一年十一月），壬辰朔（初一），太后在万象神宫祭祀，让魏王武承嗣第二个献祭品，梁王武三思最后一个献祭品。太后自编神宫乐，是乐舞人员九百人。
宫中守门的官婢团儿受太后宠信，对皇嗣不满，于是诬陷皇嗣妃刘氏、德妃窦氏，说她们用邪术诅咒太后。癸巳（初二），皇嗣妃与德妃朝见太后于嘉豫殿，退出后同时被杀，掩埋在宫中，人们不知道掩埋的处所。德妃是窦抗的曾孙女。皇嗣畏惧违犯太后的旨意，对这件事不敢说话，在太后面前，表情和举动都保持和平常一样。团儿又想陷害皇嗣，有人将她的情况告诉太后，太后才杀死团儿。
当时，告密的人都引诱别人的奴婢告发他们的主人，以谋取功劳赏赐。德妃的父亲窦孝谌任润州刺史，有家奴妄作妖异以恐吓德妃的母亲庞氏。庞氏害怕，家奴便请她夜间向神祈祷以消除妖异。家奴又告发这件事，庞氏因此被送到监察御史龙门人薛季昶处查问。薛季昶诬奏庞氏与德妃共同求神降祸于太后，他先痛哭流涕好像经受不住的样子，然后说：“庞氏的行为，臣不忍说出口。”太后便提升薛季昶为给事中。庞氏应当斩首，她的儿子窦希瑊找侍御史徐有功诉冤，徐有功通知有关部门停止执行死刑，然后上奏辩论，认为她没有罪。薛季昶上奏说徐有功循私偏袒恶逆罪犯，请求法办，执法部门判徐有功的罪应当处以绞刑。徐有功的属官把情况告诉他，徐有功叹息说：“难道只有我一个人死，其他人永远不死吗？”他进餐后，便用扇子掩面睡觉。人们以为徐有功只是暂时强作镇静，必定内心忧惧，但偷看他，他却正在熟睡。太后召见徐有功，责问他：“你近来办案，重罪不办或轻办的失误怎么那样多？”回答说：“重罪不办或轻办，是作臣下的小过失；喜欢让人活着，是圣人的大德。”太后沉默不语。因此庞氏得减免死罪，同三个儿子一起流放岭南，窦孝谌降职为罗州司马，徐有功也被削除名籍。
戊申（十七日），姚璹上奏请求命令宰相撰写《时政记》，每月送交史馆。这个意见被采纳。《时政记》的撰写从这时候开始。
腊月，丁卯（初七），皇孙李成器被降为寿春郡王，恒王李成义为衡阳郡王，楚王李隆基为临淄郡王，卫王李隆范为巴陵郡王，赵王李隆业为彭城郡王，他们都是睿宗李旦的儿子。
春季一月，庚子（初十），太后任命夏官侍郎娄师德为同平章事。娄师德为人宽厚，清廉谨慎，冒犯他也不计较。他与李昭德一同入朝，娄师德身体肥胖行动缓慢，李昭德老等他不来，便怒骂他：“乡下佬！”娄师德笑着说：“我不作乡下佬，谁应当作乡下佬！”他的弟弟授任代州刺史，将要赴任时，娄师德对他说：“我任宰相，你又为州刺史，得到的恩庞太盛，是别人所妒忌的，将如何自己避祸？”他弟弟直身而跪说：“今后就是有人唾我脸上，我只擦拭而已，希望不致使哥哥担忧。”娄师德神色忧虑地说：“这正是使我担忧的！人家唾你脸，是因为恨你，你擦拭，便违反人家的意愿，正好加重人家的怒气。唾液，不擦拭它会自己干，应当笑而承受。”甲寅（二十四日），前尚方监裴匪躬、内常侍范云仙因私自拜见皇嗣获罪，腰斩于街市。从此公卿以下官员都不得晋见皇嗣。又有人告发皇嗣有秘密异谋，太后命令来俊臣审讯他身边人员，他们受不住酷刑，都想违心认罪。太常寺工人京兆人安金藏大声对来俊臣说：“您既然不相信我的话，我请求剖出心肝以表明皇嗣不谋反。”他立即抽出佩刀自己剖胸，五脏都流出，血流满地。太后听说，命令将他抬入宫中，让医生将五脏纳入体内，用桑皮线缝合，敷上药，经过一个晚上才苏醒。太后亲自去看望他，叹息说：“我有儿子不能自己看清楚，结果使得你这样。”立即命令来俊臣停止审讯，皇嗣因此得免于难。
朝廷停止应举的人学习《老子》，改为学习太后所编的《臣轨》。二月，丙子（十六日），新罗王金政明去世，朝廷派遣使者封他的儿子金理洪为王。乙亥（十五日），朝廷禁止民间拥有彩色有花纹的丝织品。侍御史侯思止私自贮存这种丝织品，李昭德查办他，用杖刑将他杀死于朝堂。
有人告发岭南流放人员谋反，太后派遣司刑评事万国俊代理监察御史前往查问。万国俊到达广州后，召集全部流放人员，假传太后命令让他们自尽。流放人员呼喊着不服罪，万国俊将他们驱赶到河边，全部斩首，一个早上就杀死三百多人。然后伪造他们谋反的罪状，回来上报，同时还对太后说其他各道的流放者，也一定有怀恨而谋反的，不能不及早清除掉。太后高兴，提升万国俊为朝散大夫、行侍御史。太后又派遣右翊卫兵曹参军刘光业、司刑评事王德寿、苑南面监丞鲍思恭、尚辇直长王大贞、右武威卫兵曹参军屈贞筠都任代理监察御史，到各道审查流放人员。刘光业等因万国俊多杀人受到奖赏，争相仿效他。刘光业杀死七百人，王德寿杀死五百人，其余少的也不少于一百人，早年的各种罪犯、流放人员也一同被杀。太后也颇知滥杀的情况，因此下令“六道流放人员未死的连同他们的家属，都准许返回家乡。”万国俊等也相继死去，或获罪流放。
来俊臣诬告冬官尚书苏干，说他在魏州时与琅邪王李冲串通谋反。夏季，四月，乙未（疑误），他被处死。
五月，癸丑（二十五日），棣州河水泛滥。魏王武承嗣等五千人上表请求太后加尊号为金轮圣神皇帝。
乙未（初九），太后到万象神宫，接受尊号，赦免天下罪人。朝廷制作金轮等七宝，每次朝会，都陈列在殿庭。
庚子（十四日），朝廷追尊昭安皇帝为浑元昭安皇帝，文穆皇帝为立极文穆皇帝，孝明高皇帝为无上孝明高皇帝；皇后的尊号与帝号相同。
辛丑（十五日），朝廷任命文昌左丞、同平章事姚璹为司宾卿，罢除相职；任命司宾卿万年人豆卢钦望为内史，文昌左丞韦巨源为同平章事，秋官侍郎吴人陆无方为鸾台侍郎、同平章事。韦巨源是韦孝宽的玄孙。
延载元年（甲午，公元694年）正月，丙戌（初一），太后在万象神宫祭祀。
突厥可汗阿史那骨笃禄去世，他的儿子年幼，他的弟弟阿史那默啜自立为可汗。腊月，甲戌（十九日），阿史那默啜侵扰灵州。室韦反叛，唐朝派遣右鹰扬卫大将军李多祚击败他们。
一月，朝廷任命娄师德为河源等军检校营田大使。二月，武威道总管王孝杰在冷泉及大岭打败吐蕃论赞刃、突厥可汗子等各三万多人。碎叶镇守使韩思忠打败泥熟俟斤等一万余人。
庚午（十六日），朝廷任命和尚怀义为代北道行军大总管，以讨伐阿史那默啜。三月，甲申（初一），朝廷任命凤阁舍人苏味道为凤阁侍郎、同平章事，李昭德为检校内史；又任命和尚怀义为朔方道行军大总管，以李昭德为长史，苏味道为司马，率领契明、曹仁师、沙吒忠义等十八将军以讨伐阿史那默啜，还没有出发，因敌人退走而停止出兵。李昭德曾与和尚怀义商议事情，不符合他的心意，被怀义鞭打，李昭德恐惧请罪。
夏季，四月，壬戌（初九），朝廷任命夏官尚书、武威道大总管王孝杰为同凤阁鸾台三品。五月，魏王武承嗣等二万六千余人给太后上尊号为越古金轮圣神皇帝。甲午（十一日），太后驾临则天门城楼接受尊号，大赦天下罪人，更改年号。天授年间，朝廷派遣监察御史寿春人裴怀古招抚西南蛮族。六月，癸丑（初一），永昌蛮首领薰期率领部落二十余万户归附唐朝。
河内地方有老尼姑，居住在神都麟趾寺，与嵩山人韦什方等以邪说迷惑群众。老尼姑自号净光如来，说能预知未来；韦什方自称是三国时孙吴赤乌年间出生的人。又有一个老胡人也自称五百岁，说他看见和尚怀义已二百年了，怀义的面貌越来越年轻。太后很信任器重他们，赐韦什方姓武氏。秋季，七月，癸未（初一），朝廷任命韦什方为正谏大夫、同平章事，命令中说：“他胜过轩辕时代的广成子，超越汉朝的河上公。”八月，韦什方要求返回嵩山，太后命令免去职务，遣送他返山。
戊辰（十七日），朝廷任命王孝杰为瀚海道行军总管，并受朔方道行军大总管和尚怀义的指挥。己巳（十八日），朝廷任命司宾少卿姚璹为纳言；左肃政中丞原武人杨再思为鸾台侍郎，洛州司马杜景俭为凤阁侍郎，一并任同平章事。
豆卢钦望请九品以上的京官每人交两个月的薪俸以补助军用，写了一份通知让百官传阅，让他们一起上奏表。百官只是聚到一起，不知是什么事情。拾遗王求礼对豆卢钦望说：“您俸禄丰厚，交纳没有什么关系；低级官吏贫困，为什么不让他们知道而加以欺骗夺取呢？”豆卢钦望严正拒绝他。上表后，王求礼进言说：“陛下富有天下，军用和国用都有储备，如何用得着贫官九品的俸禄而加以欺骗夺取！”姚璹说：“王求礼不识大体！”王求礼说：“像姚璹这样，是识大体的人吗！”事情终于没有实施。
戊寅（二十七日），鸾台侍郎、同平章事崔元综因事获罪流放振州。武三思等率领四夷首领请用铜铁铸造大‘天枢’柱，树立在端门外，柱上有记述功德的铭文，贬黜唐朝，称颂武周；任命姚璹为督作使。诸胡聚集钱百万亿，买铜铁尚不够用，又征收民间的农具加以补充。
九月，壬午朔（初一），出现日食。殿中丞来俊臣犯贪赃罪，降职为同州参军。王弘义流放琼州，伪称太后有令追他回京，到了汉水以北，侍御史胡元礼遇见他，经过查验，弄清他作假的事实，于是用杖刑处死。
内史李昭德依仗太后的信任，独揽大权，意气用事，人们多憎恨他。前鲁王府功曹参军丘愔上疏抨击他，内容大致说：“陛下在天授年间以前，政事由自己决断，自长寿年间以来，委任李昭德，让他参与机密，提出可行的事，否决不可行的事；一些对国家便利的事，他事先不参与商议，待到已批示将要推行时，才另提出不同意见，显露出独断独行，好表现自己。善事归于君主，过失自己承担，他并不遵循这种君臣关系的常理。”又说：“我看他的胆子，比身体还大，鼻孔出的气，上冲霄汉。”又说：“蚂蚁的洞穴可以毁掉大堤，针尖大的小孔足以泄气，权力一旦失去，要收回就极难。”长上果毅邓注，又著《石论》数千言，叙述李昭德专权的事实。凤阁舍人逄弘敏将它上奏，太后因此而憎恶李昭德，壬寅（二十一日），将他降职为南宾县尉，不久又减免死罪，将他流放。
太后拿出一枝梨花给宰相们看，宰相们都以为是吉兆。只有杜景俭说：“现在草木枯黄凋落，而梨树却开花，这是阴阳错乱，过失在我们这些人。”他因此跪下谢罪。太后说：“你是真正的宰相。”
冬季，十月，壬申（二十二日），朝廷任命文昌左丞李元素为凤阁侍郎，左肃政中丞周允元为检校凤阁侍郎，一并任同平章事。周允元是豫州人。
岭南獠人反叛，朝廷任命容州都督张玄遇为桂、永等州经略大使以讨伐他们。
天册万岁元年（乙未，公元695年）正月，辛巳朔（初一），太后加尊号为慈氏越古金轮圣神皇帝，大赦天下，更改年号为证圣。
周允元与司刑少卿皇甫文备上奏说内史豆卢钦望、同平章事韦巨源、杜景俭、苏味道、陆元方依附李昭德，不能纠正政事的过失。豆卢钦望被降职为赵州刺史，韦巨源被降职为麟州刺史，杜景俭被降职为溱州刺史，苏味道被降职为集州刺史，陆元方被降职为绥州刺史。
当初，明堂已落成，太后命令和尚怀义用麻布夹缝制作大佛像，佛像的小指中就能容得下数十人，在明堂北面构筑天堂用来贮存。天堂初造时被风吹倒，又重新再造，每天役使一万人，采集木料于江河山岭，数年之中，花费以万亿计算，国库因此耗尽。和尚怀义花钱像粪土一样，太后全都听任他，不加过问。每次举行无遮法会，用钱万缗；等四方男女汇集，又散钱十车，让他们争相拣拾，有人因争抢被踩死。各地的公私田宅，多数为和尚所有。和尚怀义不喜欢入宫，多数时间居住在白马寺，他剃度千名身强力壮的人为僧。侍御史周矩怀疑他有奸谋，一再请求审查他。太后说：“你且回去，朕即命令他去你处。”周矩回到御史官署，和尚怀义也到，他就着台阶下马，露腹坐在椅子上。周矩召集手下吏卒将要审问他，他立即跃上马飞驰而去。周矩上报他的行为，太后说：“这个道人患疯病，不值得追问，他所剃度的僧人，任由你处理。”周矩将他们全部流放到边远州县。升任周矩为天官员外郎。
乙未，太后作无遮法会于明堂，挖地为坑，深五丈，结札彩绸作宫殿，佛像都从深坑中拉出，说是从地下涌出。又杀牛取血，用来画大佛像，佛像的头高二百尺，说是和尚怀义刺膝取血画的。丙申（初八），在天津桥南边张挂大佛像，摆上供神佛用的食品。当时御医沈南璆也得到太后宠幸，和尚怀义对此心里不高兴，当晚秘密焚烧天堂，延烧到明堂，火光照得洛阳城中如同白昼，到天亮时天堂明堂全部烧光，狂风刮坏牛血画的佛像断成数百段。太后羞愧而不敢说明真象，只说是在天堂里干活的工徒疏忽烧着麻布佛像，而延烧明堂。当时全城臣民正在聚饮，左拾遗刘承庆请求停止朝会和聚饮，以回答上天的谴责，太后准备接受。姚璹说：“从前周代成周城宣榭失火，占卜的结果是朝代更加兴盛；汉武帝时柏梁台失火后再造建章宫，盛德更加久远。现在明堂只是发布政令的场所，并不是宗庙，不应自我贬抑。”太后于是登上端门，像平时一样观看臣民会饮。她命令重新建造明堂、天堂，仍然任命和尚怀义为主持建造的使者；又为九州各铸一座铜鼎及十二属相神，都高一丈，安置在各自的方位。
在这以前，河内老尼姑白天只食一点麻籽和一点米，晚上则屠宰烹调宴饮作乐，收养弟子一百多人，淫乱无所不为。武什方自称能配制长生不老药，太后派遣他乘驿车赴岭南采药。等到明堂火灾，老尼姑入宫慰问太后，太后怒斥她，说：“你经常说能预知未来，何以不预言明堂火灾？”因此驱逐她回河内，他的弟子及老胡人都逃散了。又有人告发她们的罪恶，太后便又召老尼姑返回麟趾寺，她的弟子们也闻讯全都回来，于是命令宦官出其不意逮捕她们，全部捕获，都没入官府为官婢。武什方从岭南返回，至偃师时，听说事情败露，自己上吊而死。
庚子，太后将明堂失火的事禀告太庙，并下令征求直言。刘承庆上疏认为：“火既然从麻布佛像烧起，后延及明堂总章三室，可见所营建的佛舍恐徒劳无益，请停止营造。还有，明堂的作用是调和天与人的关系，一旦焚毁，大臣们还有什么心思参加聚饮，忧愁和喜悦两种心情相互争斗，有伤于人的性情。还有，陛下下令广泛访求，允许臣下陈述最根本的道理，而左史张鼎认为现在既然有火烧到帝王居住的地方，更显出大周朝的祥瑞，通事舍人逄敏奏称，弥勒佛成道时有天魔烧宫，七宝台顷刻散坏，这些实在是谄媚荒诞之言，不是君臣间正常的言论。恳请陛下自强不息，小心翼翼，不违反天理人心而兴办非急切的工程，则亿万百姓有所依靠，福禄无穷。”
获嘉县主簿彭城人刘知几上表陈述四件事：其一，以为：“皇业起始，天地开辟，嗣君即位，百姓重新开始，当时则凭借非常的喜庆以显示使人重新获得生命的恩惠，现在天下清静安宁而赦令不断发布，近来则一年中不止一次，前些时则每年都有。至于违法背礼的人，刁猾凶残之徒，当百姓则以偷盗为业，当官则以贪赃索贿为目标。而元旦的朝会，期望皇帝的恩泽，重阳的节日，久立等待降皇恩，结果正如他们所揣测，全都获得赦免。有人接近结案判定，刑罚将要执行，而私下贿赂，官吏乘机索取，以致判决拖延，终于获宽容饶恕。这就使得社会上出现众多顽劣逆乱之徒，而缺少行为、品性端正严肃的人，行善的人得不到皇恩，作恶的人却独自获得意外的利益。古语说：‘小人的幸运，便是君子的不幸。’就是这个意思。希望陛下从今以后，适当节制赦令，使百姓知道禁令，为非作歹的人被肃清。”其二，以为：“海内任官九品以上的人，每年遇到发布赦令，必赐官阶勋级，以至朝野宴会、公私聚会时，穿红色衣服的官员多于穿青色衣服的官员，持象牙笏的多于执木笏的；他们的荣显并非因品德高尚而获得，他的官阶很少是因为才能出众而提升的，分不清什么是美与丑，什么是善与恶。臣希望从今以后稍微停止以私意赏赐官阶和勋级，使有才德的人更加忠诚勤奋，无才能的人都知道努力上进。”其三，以为：“陛下临朝即帝位以来，取士太多，六品以下有具体职务、政事清闲的官吏，就像泥土草芥一样微不足道，像沙砾一样数不清，如果不加以淘汰，恐怕要玷污君主的教化。”其四，以为：“现在州郡官吏更换调动太快，忽来忽往，像蓬草和浮萍一样流转不定，他们既怀着得过且过的打算，哪里还有心思搞奉公守法的政事。希望今后刺史在任不到三年以上不能调动，同时认真考察他们的功过，尤其要严明赏罚。”奏疏上达后，太后很赞赏。当时官爵容易得到而法网严峻，所以人们争着求取官爵而多陷身刑罚甚至被杀，刘知几便著《思慎赋》以讽刺时俗，表明自己的志趣。丙午（二十六日），朝廷任命王孝杰为朔方道行军总管，进攻突厥。
和尚怀义日益骄傲放纵，太后因此憎恨他。他焚烧明堂后，内心不安，言语多不恭顺；太后秘密挑选一百多名身强力壮的宫女以防备他。壬子（初四），在瑶光殿前树下将他逮捕，让建昌王武攸宁率领壮士将他打死，把尸体送往白马寺，焚尸造塔。
甲子（十六日），太后除去“慈氏越古”的称号。三月，丙辰（初九），凤阁侍郎、同平章事周允元去世。
夏季，四月，朝廷铸造天枢柱完成，高一百零五尺，直径十二尺，柱身八面，每面宽五尺。大柱下面是一座铁山，周边长一百七十尺，环绕铁山的是铜做的蟠龙和麒麟；柱顶上铸一个腾云形的承露盘，直径三丈，四个龙人站在盘上捧火珠，火珠高一丈。工人毛婆罗造模型，武三思撰文，天枢上刻百官和四夷首领的姓名，太后亲自书写匾额为：“大周万国颂德天枢。”
秋季，七月，辛酉（十五日），吐蕃侵扰临洮，朝廷任命王孝杰为萧边道行军大总管以讨伐他们。九月，甲寅（初九），太后合祭天地于南郊，加尊号为天册金轮大圣皇帝，大赦天下，更改年号。
冬季，十月，突厥阿史那默啜派遣使者向唐朝请降，太后高兴，封他为左卫大将军、归国公。
万岁通天元年（丙申，公元696年）腊月，甲戌（初一），太后从神都出发；甲申（十一日），祭天于神岳嵩山，大赦天下，更改年号为万岁登封，让天下百姓免交今年租税；全国会饮九天。丁亥（十四日），祭地于嵩山少室峰；己丑（十六日），登上朝觐坛接受朝贺；癸巳（二十日），回宫；甲午（二十一日），禀告太庙。
右千牛卫将军安平王武攸绪，少年时就有志向品行，淡泊不贪图名利，随从太后封中岳回来后，即要求抛弃官爵，隐居于嵩山南麓。太后怀疑他有诈，同意他的请求，以观察他的行动。武攸绪于是悠然自得于山水之间，冬天居住在茅椒作墙的屋子里，夏天居住于石室，和山林隐士一样。太后的赏赐，王公赠给的衣服玩物，武攸绪一概闲置不用，上面积满灰尘尘。他买田让家奴耕种，和普通百姓没有区别。
春季，一月，甲寅（十一日），朝廷任命娄师德为肃边道行军副总管，进攻吐蕃。己巳（二十六日），任命娄师德为左肃政大夫，仍旧主持政事。
朝廷改长安崇尊庙为太庙。二月，辛巳（初九），朝廷尊神岳天中王为神岳天中黄帝，灵妃为天中黄后；夏启为齐圣皇帝；封启母神为玉京太后。
三月，壬寅（初一），王孝杰、娄师德与吐蕃论钦陵赞婆交战于素罗汗山，唐军大败；王孝杰因此被免官为平民，娄师德被降职为原州员外司马。一次，娄师德在签署官府文书时，吃惊地说：“官爵全都没有了！”接着又说：“也好，也好。”不再把这事情放在心上。丁巳（十六日），新明堂落成，高二百九十四尺，纵横三百尺，规模大致小于被焚烧的明堂。上面放置涂金铁凤，高二丈，后来被大风损坏；另造铜火珠，由群龙捧着，定名为通天宫。朝廷大赦天下罪人，改年号为万岁通天。
大食国请求给朝廷进献狮子，姚璹上疏认为：“狮子专门吃肉，远道运来，肉既难得，极费人力财力。陛下鹰犬都不畜养，渔猎全部停止，哪能容许对自己菲薄而对野兽优厚！”于是拒绝接受。
朝廷任命检校夏官侍郎孙元亨为同平章事。夏季五月，壬子（十二日），营州契丹松漠都督李尽忠、归诚州刺史孙万荣起兵反唐，攻陷营州，杀都督赵文翙。李尽忠是孙万荣的妹夫，都居住在营州城边。赵文翙傲慢而固执，契丹发生饥荒，他不赈济，看待他们的首领如同奴仆，所以他们二人怨恨而造反。乙丑（二十五日），唐朝派遣左鹰扬卫将军曹仁师、右金吾卫大将军张玄遇、左威卫大将军李多祚、司农少卿麻仁节等二十八将讨伐他们。秋季，七月，辛亥（十一日），朝廷任命春官尚书梁王武三思为榆关道安抚大使，姚璹作他的副职，以防备契丹；改李尽忠为李尽灭，孙万荣为孙万斩。
李尽忠不久自称无上可汗，占据营州，以孙万荣为前锋，夺取地盘，所向无敌，十日间拥兵至数万，进兵包围檀州，被清边前军副总管张九节击退。
八月，丁酉（二十八日），曹仁师、张玄遇、麻仁节与契丹交战于硖石谷，唐军大败。这以前，契丹攻下营州时，俘虏唐兵数百人，囚禁在地牢中。听说唐军将到，契丹人让一个守牢的族人欺骗他们说：“我们的家属受饥寒不能生存，只等官军到来便立即投降。”接着，契丹人又将他们领出地牢，让他们喝糠粥，慰劳他们说：“养着你们，则没有粮食，杀死你们，又不忍心，现在放你们走。”于是释放他们。他们回到幽州，叙说上述的情况，唐军听到后，都争着要赶紧进军。唐军到达黄獐谷，契丹人又派遣老弱兵民前来投降，故意在道边丢弃老牛瘦马。曹仁师等便留下步兵，领骑兵前进。契丹人设下埋伏从侧面攻击，用飞索将张玄遇与麻仁节绊倒，生擒他们。将卒死尸布满山谷，很少有人逃脱。契丹人获得唐军印信，便伪造文书让张玄遇等签名，通知总管燕匪石宗怀昌等说：“官军已破贼，如果你们不到达营州，军官都斩首，兵卒不给勋级。”燕匪石等得到通知，便昼夜兼程，连吃饭睡觉都顾不上，一直往前赶，士卒马匹都疲劳得很；结果被契丹人在中途埋伏截击，全军覆没。
九月，太后下令：“天下囚犯及官民家奴有勇力的，官府给钱赎出，发往前线进攻契丹。”朝廷开始命令崤山以东靠近边地各州设置武骑团兵，任命同州刺史建安王武攸宜为右武威卫大将军，充任清边道行军大总管，以讨伐契丹。
右拾遗陈子昂任武攸宜军府参谋，上疏说：“太后下令赦免天下罪人及招募官民家奴当兵讨伐契丹，这只是应急的办法，不是天子的兵员。况且近来刑狱早已公平，罪人减少，家奴多数懦弱，不习惯行军打仗，纵使能募集到，也不见得可用。何况当今天下的忠臣义士，还没有用上万分之一，契丹小小的祸乱，发个命令就将诛灭，用不着赦免罪犯和赎出家奴，有损国家的体面！臣恐怕这种政策不足以向天下显示国家威力。”
丁巳（十八日），突厥侵扰凉州，虏走都督许钦明。许钦明是许绍的曾孙；当时他正外出巡查所辖地区，突厥兵数万人突然进攻到城下，许钦明抵抗，被俘虏。
许钦明的哥哥许钦寂，当时任龙山军讨击副使，与契丹在崇州交战，兵败被擒。契丹人将包围安东，命令许钦寂劝说其属下未被攻下的城邑投降。安东都护裴玄珪正在城中，许钦寂对他说：“狂贼为天所罚，灭亡就在朝夕之间，您只管勉励士兵严密防守以保全忠诚和气节。”契丹人因此把他杀了。
吐蕃又派遣使者请求与唐和好，太后派遣右武卫胄曹参军贵乡人郭元振前去观察情况。吐蕃将领论钦陵请求唐朝撤去安西四镇的守军，并请求分给他们十姓突厥的土地。郭元振说：“四镇、十姓突厥与吐蕃本是不同民族，现在请撤唐朝守军，难道不是有兼并的打算吗？”论钦陵说：“吐蕃假如贪求土地，想成为唐朝边地的祸患，则东侵甘州、凉州，哪里肯谋利于万里之外呢！”于是派遣使者随郭元振入唐朝提出上述请求。
是否答应他的要求，朝廷拿不定主意，郭元振上疏认为：“论钦陵要求罢兵割地，这是利害的关键，确实不应轻易作出决定。现在如果直截了当地拒绝他的善意，结果将招致很深的边患。四镇的利益远，甘州、凉州的受害近，不可不深入考虑。应当用计策拖延时间，使他和好的希望未断绝就好了。那四镇、十姓，吐蕃是很想得到的，而青海、吐谷浑，也是我们的要地。现在回答他应该说：‘四镇、十姓之地，本来对唐朝没有什么用处，所以派兵戍守，是想安定抚慰西域，分散吐蕃的军力，使吐蕃不能全力东侵。现在如果吐蕃无东侵的打算，就应当归还我吐谷浑各部及青海故地，而西突厥五俟斤部也应当归还吐蕃’。这样便足以堵住论钦陵的嘴，而且也未与他断绝关系。如果论钦陵略有违背，则是他没有道理。而且四镇、十姓诚恳归附已久，现在还未发现他们有反叛的情况，做有害于我们的事情，因为遥远而抛弃他们，恐怕要使各国伤心，不是控制四夷的良策。”太后听从他的意见。
郭元振又向太后进言：“吐蕃百姓为徭役和兵役所苦，早就愿意与我们和好；只有论钦陵图统兵专制的私利，不想归附。如果我们每年都派去表示和好的使者，而论钦陵常不从命，则吐蕃百姓对论钦陵的怨恨就会日益加深，盼望得到国家的恩惠就会日甚一日，他要想大规模发动他的百姓，肯定就困难。这也是逐渐离间的办法，可以使他们上下猜疑，祸乱从内部产生。”太后深表赞同。郭元振名震，元振是他的字，人们习惯称呼他的字。
庚申（二十一日），朝廷任命并州长史王方庆为鸾台侍郎，与殿中监万年人李道广一并任同平章事。
突厥阿史那默啜请求作太后的儿子，并为他女儿向唐朝求婚，全部归还河西降户，率领他的部众为唐朝讨伐契丹。太后派遣豹韬卫大将军阎知微、左卫郎将代理司宾卿田归道带着册书任命阿史那默啜为左卫大将军、迁善可汗。阎知微是阎立德的孙子；田归道是田仁会的儿子。
冬季，十月，辛卯（二十二日），契丹李尽忠去世，孙万荣替代他率领部众。突厥阿史那默啜乘机袭击松漠，俘虏李尽忠、孙万荣的妻子儿女后退走。太后晋升阿史那默嗓为颉跌利施大单于、立功报国可汗。
孙万荣收集余众，军势再次兴盛，派遣别帅骆务整、何阿小为前锋，攻陷冀州，杀州刺史陆宝积，屠杀官吏和百姓数千人；又进攻瀛州，黄河以北地区震动。太后命令起用彭泽令狄仁杰为魏州刺史。前任刺史独孤思庄畏惧契丹突然到来，将百姓全部驱赶入城，修筑工事，加强守备。狄仁杰到任后，将百姓全部遣返务农，说：“敌人距离还远，用不着这样！万一敌人来，我自己抵挡他们。”百姓很高兴。当时契丹侵扰，军事文书堆集，夏官郎中硖石人姚元崇剖析决断，如水分流，都有条理，太后认为他不寻常，提升他为夏官侍郎。
太后思念徐有功执法公平，重新提拔他为左台殿中侍御史，知道的人无不互相庆贺。鹿城主簿宗城人潘好礼撰写文章，称赞徐有功遵循正道、依从仁义，坚守真诚的气节，不因贵贱死生改变自己的操行。文章中假设客人提问：“当今谁可以和徐公相比？”主人说：“四海极广，人物极多，有的隐匿行迹，藏匿光采，我不敢乱下结论，但就我所闻所见，就他一人而已，能与他相比的只有从古人中寻求。”客人说：“比张释之如何？”主人说：“张释之所做的事情很容易，徐有功所做的事情很困难，难易之间优劣就可以显示出来了。张释之遇上汉文帝的时候，天下太平无事，至于像盗窃汉高祖庙中的玉环和汉文帝在渭桥的惊马事件，只不过按法律办理而已，难道不是很容易吗！徐有功遇上朝代变换的年代，适值万象更新的世道，唐朝的遗老，或包藏祸心，使君主有疑虑。如周兴、来俊臣，便是帝尧年代的四凶，大肆粉饰恶言以诬陷有德之人；而徐有功死守正道，深入审视清楚，几乎身陷监狱，多次触犯法度，这些都是您所听说过的，难道不是很难吗！”客人说：“假使任命他为司刑卿，就得以施展他的才能了。”主人说：“您只看到徐公用法平允，以为可任司刑卿；我观察他这个人，心里什么都有，如果得以发挥，什么事情都能胜任，何止司刑卿而已！”
则天皇后神功元年（丁酉，公元697年）正月，己亥朔（初一），太后在通天宫祭祀。
突厥阿史那默啜侵扰灵州，带着俘获的唐将许钦明。许钦明到州城下大喊，要求给好酱、梁米和墨，意思是让城中选良将、领精兵，夜袭敌人营垒，而城中竟没有人能领会他喊话所隐含的意思。
箕州刺史刘思礼向术士张憬藏学相面，张憬藏说刘思礼将经历箕州刺史，做到太师的职位。刘思礼心想太师在大臣中非常显贵，不是君主的辅佐大臣不能担任，便与洛州录事参军綦连耀图谋造反，秘密勾结朝廷官员，利用相面的办法，为别人预言富贵，等把人说得高兴的时候，然后便说：“綦连耀将授命于天，您一定要依靠他才能获得富贵。”凤阁舍人王勮兼管天官侍郎事，便任用刘思礼为箕州刺史。
明堂县尉吉顼知道刘思礼的阴谋，报告合宫县尉来俊臣，让来俊臣向朝廷密告他谋反。太后派河内王武懿宗审问他，武懿宗命令刘思礼广泛牵连朝廷官员，答应可以赦免他的死罪，凡对武懿宗稍不顺从的人都牵连上。于是刘思礼牵连凤阁侍郎同平章事李元素、夏官侍郎同平章事孙元亨、执掌天官侍郎事务的石抱忠、刘奇、给事中周譒及王勃的哥哥泾州刺史王勔、弟弟监察御史王助等，共三十六家，都是海内知名人士。严刑拷打逼供定案后，壬戌（二十四日），他们全都被灭族。他们的亲戚因株连而被流放的有一千多人。
当初，武懿宗表面向刘思礼表示宽大，以便让他诬告牵连别人。等到被牵连的人处死后，他便逮捕刘思礼，刘思礼后悔了。武懿宗自天授年间以来，太后多次派他审讯囚犯，他喜欢诬陷人，当时人认为他是周兴、来俊臣第二。
来俊臣想独得这次事件的告发之功，又罗织罪名密告吉顼；吉顼因密告别的谋反事件获得太后召见，才得以幸免。来俊臣因此又得到重用，而吉顼也借此得以升官。来俊臣的党徒罗织罪名告发司刑府史樊惎谋反，樊惎被处死。他的儿子诉冤于朝堂，无人敢受理，便抽刀自己剖腹。秋官侍郎上人刘如璿看见了，偷偷叹息流泪。来俊臣便上奏说刘如璿偏袒恶逆罪犯，他于是被逮捕入狱，判处绞刑；太后下令改判他流放州。
尚乘奉御张易之，是张行成的同族侄孙，年轻、貌美，精通音律。太平公主推荐张易之的弟弟张昌宗入侍宫中，张昌宗又推荐张易之，兄弟二人都得到太后的宠幸，常涂脂抹粉，穿华丽的衣服。张昌宗连续升官后任散骑常侍，张易之任司卫少卿；授给他们的母亲臧氏、韦氏太夫人的封号，赏赐多得数不清，又命令凤阁侍郎李迥秀为臧氏的姘夫。李迥秀，是李大亮的同族侄孙。武承嗣、武三思、武懿宗、宗楚客、宗晋卿等人，时常等候在张易之家门口，争着为他执马鞭牵马，称张易之为五郎，张昌宗为六郎。
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