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学习小组Day3笔记--快乐小胡

学习小组Day3笔记--快乐小胡

作者: 胡潇逸 | 来源:发表于2020-06-17 00:09 被阅读0次

    1.如何下载miniconda(mac电脑为例)

    1)登陆网站

    进入:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
    会看到linux下面有64-bit(x86_64)、32-bit(x86)两种版本

    2)查看服务器类型

    进入终端,登陆服务器,输入命令 uname -a (注意-前有个空格)

    #查看服务器是多少位的
    (base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ uname -a
    Linux VM-0-10-ubuntu 4.15.0-54-generic #58-Ubuntu SMP Mon Jun 24 10:55:24 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
    

    3)选择合适的版本

    在网站上根据自己的服务器类型选择合适的版本(当然,latest最新的一定是要有的啦!)

    4)右键复制下载链接

    5)在服务器里正式下载安装

    (base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ mkdir biosoft  #新建一个biosoft目录存放生信软件
    (base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft #回到biosoft这个目录里面去
    (base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #wget语句后面粘贴上之前复制的链接,然后开始下载
    --2020-06-17 23:45:18--  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.8.193, 2402:f000:1:408:8100::1
    Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.8.193|:443... connected.
    HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
    Length: 85055499 (81M) [application/octet-stream]
    Saving to: ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh.1’
    
    Miniconda3-latest-L 100%[===================>]  81.12M  3.94MB/s    in 20s     
    
    2020-06-17 23:45:38 (4.13 MB/s) - ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh.1’ saved [85055499/85055499]
    
    (base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #开始安装啦,接下来有enter的选择enter,有yes的选择yes,直到看到thank you for installing miniconda3,就成功了
    
    Welcome to Miniconda3 4.8.2
    
    In order to continue the installation process, please review the license
    agreement.
    Please, press ENTER to continue
    >>> 
    ===================================
    End User License Agreement - Anaconda Individual Edition
    ===================================
    
    

    source ~/.bashrc来激活conda
    命令行输入conda,出现满屏的信息说明成功了
    如果报错,说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令

    2.conda的使用方法

    2.1 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
    2.2 搜索conda软件 conda search fastqc #fastqc是数据质控软件(一个例子)
    2.3 安装软件 conda install fastqc -y (-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
    conda install fastqc=0.11.7 -y (也可以精准下载某个版本好的软件)
    2.4 卸载软件 conda remove fastqc -y

    3.添加镜像

    所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。(直接复制粘贴回车)

    # 使用清华镜像
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    conda config --set show_channel_urls yes
    

    4conda环境

    为什么需要conda环境?

    生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
    每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,所想的方法就是设定不同的“环境”,按照项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

    如何使用

    4.1先查看当前conda有哪些环境

    (base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
    # conda environments:
    #
    base                  *  /home/bio04/miniconda3
    rna-seq                  /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
    #(前面带*的就是默认的)
    

    4.2 建立一个名叫rnaseq的conda信环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)

    conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
    

    4.3再次查看一下我们的conda环境,conda info --envs ,看是不是多了一个rna-seq。但是发现,默认还是base
    4.4激活新的conda环境
    conda activate rna-seq ,这时默认的*就会转移到rna-seq前面;
    另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
    输入fastqc试试,如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了

    (base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq 
    (rna-seq) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
    # conda environments:
    #
    base                     /home/bio04/miniconda3
    rna-seq               *  /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
    

    4.5推出当前的环境,运行conda deactivate,就回到了以前的环境

    (rna-seq) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda deactivate 
    (base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
    # conda environments:
    #
    base                  *  /home/bio04/miniconda3
    rna-seq                  /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
    

    (以上学习内容来自微信公众号——生信星球)

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