Original montreal 生信人 2020.1.31
最近，新型冠状病毒的流行病学指标R0产生了巨大的争议。包括世界卫生组织在内的七个以上的组织和团队对R0进行了预测，而争议之处就在于不同结果之间可以相差很大。
R0的概念在26号的栏目里我们已经介绍了【1】，这里再简单说一下。其代表基本传染数（Basic reproduction number），是“没有外力介入，同时所有人都没有免疫力的情况下，一个感染到某种传染病的人，会把疾病传染给其他多少个人的平均数”【2】。
按照定义，假如R0不变，那么R0=4和R0=2两种情况分别在第三轮感染新增的被感染人数就会相差(4/2)^2=8倍。对于R0最保守的估计来自世卫组织，WHO在23日的报告里称武汉肺炎的R0为1.4-2.5【3】。而最高的R0来自香港理工大学的何岱海教授的预测：R0在3.30 (95%CI: 2.73-3.96) to 5.47 (95%CI: 4.16-7.10)之间【4】。
来自英国兰卡斯特大学（Lancaster University）的Jonathan Read和合作者23日于医学预印本medRxiv上po文，声称他们估算的R0在3.6-4.0之间【5】。或许是得益于较早在网络公开，也或许是其估算值比较惊悚，该R0在网络流传很广。殊不知，其实该文一经发表就遭到了多方的批评【6】。有多名学者都表示过小的置信区间十分可疑。瑞士伯尔尼大学（University of Bern）的Neher直言不讳：This preprint estimates a high R0 and attempts to predict future spread. While not completely implausible, the confidence intervals they attach to their estimates are too narrow and don't reflect the true uncertainty and stochasticity of the dynamics.
英国爱丁堡大学（University of Edinburgh）的分子进化学者Andrew Rambaut也表示了类似观点：
在多方质疑声中，兰卡斯特大学团队也在网上迅速做出了回应，文章的第一兼通讯作者表示，由于数据和模型上的不确定性，R0也会迅速变化，且团队最新的R0估算值为2.4-2.6（CI 95%）。29日，文章也终于在medRxiv得到了更新【5】。不过，似乎之前置信区间过小的问题还是没有得到解决。来自佐治亚理工学院（Georgia Institute of Technology）的Joshua Weitz甚至对其出现的原因做出了猜测：
此外，兰卡斯特大学团队的这次更新文章还带来了新的问题：R0在两个版本的文章里很大的差距（之前是3.6-4.0），两者甚至没有重叠部分，这更是招致一片质疑之声。
对于相去甚远的R0估值，来自哈佛大学的流行病学家Caroline Buckee表示有几点值得注意：R0是和背景息息相关的，比如疾病发展的不同时期，R0的数值可能有很大差异。一个例子是SARS最初始的R0一度达到3，但后来又跌到了1.0以下。在疾病刚开始爆发的时候，患者数目呈指数型增长，这时候，R0的计算可以根据患者增加速度的数据以及该疾病的传染区间（serial interval：the time between successive cases in a chain of transmission）。然而，该方法有三个挑战：1.不可靠的报告（缺失）（unreliable reporting）2.无症状个案（asymptomatic cases）3. 传染区间不确定（uncertain serial interval）。显然，前两个都会导致对R0的低估。这里Buckee找了一篇预印本，来自广东省疾控中心的Tao Liu等人得到的R0为2.3-3.6之间【8】。
另一种办法是通过SEIR（Susceptible-Exposed-Infected-Removed）模型计算。在此情形下，R0 = b * k * d，b代表与被病人解除被感染的概率（probability of infection given contact with infectious person），k代表接触率（contact rate），d代表感染周期（infectious duration）。这里面最难以计算的当属接触率k。兰卡斯特大学的研究结果就是采用该模型计算新型冠状病毒R0的【5】。
Buckee还提到了其他几个值得关注和思考的地方，由于小编实在看不懂，就不多说了，大家可查阅原推【7】。最后提醒大家，目前看来，关于这次武汉肺炎的R0有着巨大的争议，我们应尽量听取多渠道的声音，独立思考，参考不同的研究，更何况这些研究都是在相对比较“仓促”的情况下完成的，且大多是未经同行评议的预印本。
引文
1. Montreal（2020）武汉肺炎追踪之R0 生信人
2. https://baike.baidu.com/item/基本传染数
3. WHO. (2020.1.23) Statement on the meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the outbreak of novel coronavirus (2019-nCoV)
4. Shi Zhao, Jinjun Ran, Salihu Sabiu MUSA, Guangpu Yang, Yijun Lou, Daozhou Gao, Lin Yang, Daihai He. (2020) Preliminary estimation of the basic reproduction number of novel coronavirus (2019-nCoV) in China, from 2019 to 2020: A data-driven analysis in the early phase of the outbreak bioRxiv 2020.01.23.916395
5. Jonathan M Read, Jessica RE Bridgen, Derek AT Cummings, Antonia Ho, Chris P Jewell. (2020) Novel coronavirus 2019-nCoV: early estimation of epidemiological parameters and epidemic predictions. medRxiv 2020.01.23.20018549
6. 蔡维嘉 争鸣 | 英国专家对新型冠状病毒感染人数的预测靠谱吗？ Bioart
7. https://twitter.com/Caroline_OF_B/status/1221628145406742528
8. Tao Liu, Jianxiong Hu, Min Kang, Lifeng Lin, Haojie Zhong, Jianpeng Xiao, Guanhao He, Tie Song, Qiong Huang, Zuhua Rong, Aiping Deng, Weilin Zeng, Xiaohua Tan, Siqing Zeng, Zhihua Zhu, Jiansen Li, Donghua Wan, Jing Lu, Huihong Deng, Jianfeng He, Wenjun MabioRxiv 2020.01.25.919787; doi:https://doi.org/10.1101/2020.01.25.919787
往期文章
2. R0是什么
作者原创，原载于生信人公众号
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