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如何获取权限并下载受保护的SRA数据

如何获取权限并下载受保护的SRA数据

作者: 落寞的橙子 | 来源:发表于2019-11-09 23:40 被阅读0次

    有很多数据需要申请下载权限然后才能下载
    1、申请权限
    申请权限后按照官网要求把key和下载路径设置好,具体方法官网说的很清楚。
    主要使用vdb-config -i进行设置。
    2、使用 sratoolkit 的prefetch下载
    下载方式教程很多,注意要cd 设置路径到上述设置到目录中然后下载
    教程一
    教程二
    教程三
    我的一个例子:

    #!/bin/bash
    #SBATCH --time=40:00:00
    #SBATCH --cpus-per-task=2
    #SBATCH --mem=5g
    #SBATCH --job-name="download"
    ml sratoolkit
    prefetch  --option-file list.tsv \
    -q --ascp-options "-T -k 2 -l 400M" 
    

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