氨基酸三维曲率计算公式

已知氨基酸X,Y,Z坐标

1. 利用切线，做小量近似，展开足够阶数

在三维坐标系中，对于两切线近似组成的平面，切线的方向向量为

设：

上式就等于：

小量展开：

其中：

并且：

故：

可得：

2. 利用方向向量

可得：

即最终结论：

for i in X_train:
    x = i[:,1].cpu()
    x1 = np.gradient(x)
    x2 = np.gradient(x1)
    y = i[:,2].cpu()
    y1 = np.gradient(y)
    y2 = np.gradient(y1)
    z = i[:,3].cpu()
    z1 = np.gradient(z)
    z2 = np.gradient(z1)
    r2 = np.sqrt((y1*z2-z1*y2)**2+(z1*x2-x1*z2)**2+(x1*y2-x2*y1)**2)/((np.sqrt(x1**2+y1**2+z1**2))**3)
# 直接莽