pyani是一个很方便可以计算平均核酸一致性的软件，用于从基因组水平比较多个基因组序列之间的相似性。
推荐使用conda安装：conda install pyani
安装完成后，将所需要进行分析的基因组文件放到同一个文件夹中即可。
命令行例子：
average_nucleotide_identity.py -i 基因组所在文件夹地址 -o 想要输出的文件夹地址(自动新建) -m 所选算法 -g
具体例子：
分析一般命令
算法有4种：ANIm (使用MUMmer去比对输入序列）、ANIb (使用BLASTN+去比对输入序列的1020nt片段）、ANIblastall (使用旧版BLASTN比对输入序列的1020nt片段）、TETRA ( 计算每个输入序列的四核苷酸频率)
-g 为输出图像文件
本次使用了6株从NCBI上下载的大肠杆菌菌株基因组进行分析
软件运行完后，可得到类似的结果：
这6株大肠杆菌的基因组相互之间的相似度
除了图片，还有每个图所对应的比对数据结果，可以具体查询到相应的相似度/覆盖度等。
输出文件示例
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本文标题：使用pyani进行平均核酸一致性（average nucleot
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