转录组分析——四、数据质控

数据质控：fastqc
fastqc软件可以对fastq格式的原始数据进行质量统计，评估测序结果，为下一步修剪过滤提供参考

fastqc的常用参数

1. -h 打印fastqc的帮助信息
2. -o 设置输出目录，此文件夹一定要存在，否则无法生成结果；若不设置此参数，默认将结果输出到文件所在文件夹
3. -j 制定Java的路径，否则Java命令存在于系统环境变量 PATH中
4. -f 制定输入格式，默认为fastq，可选格式为：bam、sam
5. -t 线程数
6. -v 软件版本信息
7. -d 存放质控过程中产生的临时文件，如不设置，则使用系统的临时目录

#创建储存输出结果的文件夹
mkdir qc
#创建文件夹地址变量
fqdir=/trainee2/Mar7/rna/project/fq
qcdir=/trainee2/Mar7/rna/project/qc
#多个数据质控
fastqc -t 10 -o ${qcdir} ${fqdir}/SRR*.fastq.gz
#######################分割线#######################
# 如果样本比较大，用vim写脚本，然后挂到后台
vim qc.sh   # 在脚本里写入命令，命令里含有自定义变量，也要写到脚本里
fqdir=/trainee2/Mar7/rna/project/fq
qcdir=/trainee2/Mar7/rna/project/qc
fastqc -t 10 -o ${qcdir} ${fqdir}/SRR*.fastq.gz    
touch finished.ok    #任务结束后的提示
# 挂到后台
nohup sh qc.sh >qc.log &

multiqc整合fastqc结果

multiqc *.zip
#也可以用vim写在前面的命令脚本里