使用SV文件：
将所有样本整合，
ls * > all.txt
合并样本：
SURVIVOR merge all.txt 1000 2 1 1 0 30 sam.vcf
构建系统发育树：
~/tools/VCF2Dis-master/bin/VCF2Dis -i sam.vcf -o dis.mat
矩阵文件生成树文件：
ATGC: FastME (atgc-montpellier.fr)
选择矩阵
画树：itol
将所有样本整合，
ls * > all.txt
合并样本：
SURVIVOR merge all.txt 1000 2 1 1 0 30 sam.vcf
构建系统发育树：
~/tools/VCF2Dis-master/bin/VCF2Dis -i sam.vcf -o dis.mat
矩阵文件生成树文件：
ATGC: FastME (atgc-montpellier.fr)
选择矩阵
画树：itol
在分析变异过滤得到SNP时，一般都会用PHYLIP构建NJ进化树 但是phylip又不能直接把vcf文件作为输入文...
===========第一种方法利用VCF2Dis生成距离矩阵=================== VCF2Di...
之前在公众号里已经粗略的介绍过一个怎么用snp callingc出来 的vcf文件画进化树之前见过师兄师姐们用蛋白...
一文读懂进化树 iTOL：给系统发育树添枝加叶开花！ 教你用iTOL轻松绘制高颜值系统进化树 iTOL快速绘制颜值...
拿到 raw vcf 文件
用snpeff产出的vcf提取4DTv位点，用于构建进化树 转载自https://blog.csdn.net/u...
在绘制structure堆叠图之前，你常会遇到这样一些问题。测序后得到SNP文件(vcf格式)有很多，如何把众多的...
导读 上一篇：R语言ggtree绘制进化树（一）上一篇相关：Phylophlan（二）种间进化分析tree文件和绘...
快速注释已经得到的vcf文件 所需文件 ref.fa gff3文件或者gtf vcf文件 简单流程 1.建立一文件...
排序 从vcf文件排序开始，可以使用picard，也可以使用vcftools 的vcf-sort vcf转换为pe...
本文标题：vcf文件绘制进化树
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/xjuyrdtx.html
网友评论