inDrop scRNA-seq: Droplet-based

DNA barcoding:是一种利用基因组内的DNA片段来鉴定生物物种的技术。

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下文讲的是 inDrop scRNA-seq，它其中的barcode可以对单细胞进行标记，进而可分析sc RNAseq。原理如下：

inDrop scRNA-seq

1. 用消化酶分离细胞，制成细胞悬浮液

2. microparticle，试剂中含有微颗粒，和细胞在一个液滴(droplet)中时，能够在细胞中建立RNAseq文库。每个微颗粒上都附着同一种barcode，每个droplet上的RNA都被相同的barcode标记（给细胞贴上标签，每一个cDNA文库是一个单细胞独特的）

droplet的内部结构

3. 油，油包水，形成一个个小液滴

如何形成droplet

4. 细胞裂解

5. 液滴内的RNA杂交（微颗粒内的重复T末端和ployA结合）

6. 打破液滴

7. 反转录

8. PCR扩增

9. 测序与分析：每个mRNA都匹配到原来的细胞和基因上

每个mRNA都匹配到原来的细胞上

强烈推荐看视频，老师的讲解和动画简单易懂！

https://www.youtube.com/watch?v=PFG_SKpM5OI

https://www.youtube.com/watch?v=jMbD5trRILs

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