人体免疫系统极大的一部分皆分布于消化道周边的组织中，这是因为肠道是分隔身体内部与外部不可或缺的屏障， 没错， 肠道内部其实是身体的外部。整个消化道——从食物进人的起点到废物排出的终点 ——基本上是一条连续不断的管道。小肠是身体吸收管养成分的主要场所，但此处也不是门户大开(至少不应该发生这个状况）：营养成分被吸收，此外其余的东西都被排除在外。
食物必须被分解到最简单的组成结构才能够通过小肠肠壁，这个分解过程是由胃壁细胞所分泌的酸和消化酵素，由肝脏裂造并储存在胆囊、待需要时动用的胆盐，由胰脏制造并分泌至小肠中更多(或不同种类)的消化酵素， 甚至还包括了肠道微生物群(居住在肠道内的友善菌丛)所共同完成的。被身体吸收利用前，蛋白质必须分解成胺基酸，脂肪要分解成脂肪酸，碳水化合物则必须被分解成单醣(简单糖类)。
一旦食物被分解成最小组成单位，小肠内壁细胞身体无法吸收的物质会被当作废物排出体外(同时排出的还有生命循环终了死去的肠内细菌)。 令人惊讶的是，仅有单一 一层高度特化的细胞一一即肠上皮细胞一 区隔了身体的内与外。这些特殊的细胞有两项非常独特的任务: (1)将消化完成的营养素由肠内侧的细胞输送到【肠外】侧的细胞。（2）将营养素以外的其他东西隔绝在肠道内 (使其无法进入体内)。
紧邻这 一层障壁的是消化系统中重要的两个部分：: (1)肠道常驻免疫细胞，这些细胞的任务是保护我们免受可能通过肠上皮细胞障壁的病原体侵袭(2）血管和淋巴管网络，会将食物中的营养素输送到有需要的身体各部位。
胺基酸、 单醣、矿物质和水溶性维生素轻由血液运输，而脂肪酸和脂溶性维生素经由淋巴系统运输。
了解肠道的障壁作用对人体健康的重要性是很必要的，因为这项障壁功能缺失是引发自体免疫疾病的关键因子。
肠道障壁的第-个构成成分称为黏液层，的确很名符其实:黏液层是由杯状细胞所分泌之厚厚的黏液所构成，杯状细胞会沿着肠道上皮细胞以规律的间隔分布。黏液层在肠道内部与身体内部间形成一层物理屏障，黏液层的位置是被由肠道上皮细胞所分泌、称为醣外被的一层黏性分子所维持。面对肠道内部的肠道上皮细胞，其细胞膜会形成被称为微绒毛的突起， 这一层连续不断的微绒毛被称为刷状缘， 然而由于这层刷状障壁的两项主要功能之一是吸收营养素，因此这一层障壁并不是完全无法通透的:也就是说，病原体和其他非营养素物质仍然有机会由此处通过。紧邻肠上皮细胞内侧的是肠道常驻免疫细胞:主要种类有巨噬细胞 、树突细胞、分泌免疫球蛋白A的B细胞和Th3淋巴细胞.这些细胞都是肠道障壁的哨兵，蓄势待发、防御对身体的攻击。肠道也是淋巴器官的一员(体内最大的淋巴器官)， 位于其中的淋巴组织统称为肠道相关淋巴组织，这个组织内聚集了大量的未成熟T细胞和B细胞(与脾脏内的数量相当)， 因此适应性免疫系就近在咫尺，能随时准备参与对抗入侵病原体的防御。
当单一或成群的肠上皮细胞受损或将这些肠上皮细胞稳固连结起来的蛋白质受损时，便会造成服漏症发生。当这个情况出现时，肠道内容物会经由所形成之微小孔洞渗漏到血流和淋巴系统中——最重要的是，会直接落在守株待兔的肠道常驻免疫细胞手里。渗漏出去的并不是大块的食物碎片，而是各种病原体的组合:包括未消化完全的蛋白质、细菌或本应停留在肠道内之益生菌的碎片，可能出现在肠道内的感染性生物，或是各式各样本应被排除的有毒物和废物。当这些病原体经由肠道受损而出现的小孔渗漏出来时，肠道常驻免疫细胞会将这物质判别为外来入侵者，并且发动攻势加以对抗，由肠道相关淋巴组织召集更多免疫细胞前来。常大量的病原体脱逃时.身体的其他部位.尤其是肝脏，也会在免疫反应中出力——激活遍及全身的发炎反应.同时使免疫系统进人加速状态；此一免疫反应的明确性质取决于渗漏出物质的确切种类和数量。
有部分病原物质(例如细菌碎片和毒素)会触发发炎性细胞激素(在血液中循环并能指示白血球进行攻击的化学信使)释放，召来先天性免疫系统细胞而引起全身性发炎反应。还记得吗?此种发炎反应并非针对特定目标.因此体内所有的细胞都有可能无辜受害。这些毒素必须经由肝脏的独特功能过滤。一旦肝脏负荷过量，毒素便会在体内堆积，使发炎反应扩散 .进而引发适应性免疫系统的反应加入战局。这类型的发炎反應是引起许多健康问题的罪魁祸首，并不限于自体免疫疾病。
其他物质(例如未完全消化的蛋白质)会刺激适应性免疫系统，从而产生多种不同反应.引起像是过敏和自体免疫疾病等疾病.当B细胞分泌将由食物而来的特定蛋白质视为攻击目标的免疫球蛋白E时.会引发过敏:例如若抗体攻击酪蛋白便会引起乳类过敏:；B细胞分泌免疫球蛋白A、D: M和G等抗体时都会引发类似反应。
严格来说，这种免疫反应被认为是一种食物不耐症(并非过敏)，但仍然会导致类似过敏的症状，还有通常不会被认为是因过敏引起的问题，诸如疼痛、疲劳和湿疹。有些被制造出来的抗体可能也是自体抗体。细胞激素也会被释放，进一步召集更多先天性免疫和适应性免疫系统的细胞。这是拼图的最后一角。
肠漏症在某些人身上的发展很缓慢——数年甚至数十年 ，压力、睡眠不足和某些感染会迅速让情况恶化(而且是在猝不及防的状况下)。一旦出现肠漏症，很快的，其他疾病便会陆续发生。肠道破坏的严重程度、渗漏出物质的确切种类和基因组成，决定了因肠漏症所引起的发炎反应和免疫反应会累积成大量不同的健康问题，其中不乏包括自体免疫疾病在内这类会导致生命危险的疾病。
一旦由肠道渗漏出去 ，甚至正常的益生菌都会成为引发自体免疫疾病的刺激来源。一篇最近的研究报告显示 ，肠道益生菌之双歧菌属和乳酸秆菌(典型生活在所有人肠道中的菌种)内的蛋白质，其胺基酸序列与负责胸腺功能的两种重要蛋白质——甲状腺过氧化酶及甲状腺球蛋白 ——惊人的相似。事实上，研究确实显示，拮抗这些胸腺蛋白质的抗体也会与益生菌结合:这些抗体是自体胸腺疾病的临床特征。
导致肠漏症发生的原因各式各样，但究其根源都来自于饮食与生活方式因子的影响。其他造成肠漏症的原因还有药物，例如皮质类固醇和非类固醇抗发炎药物，以及感染。以短期药物治疗或感染引起的肠漏症而言，其后的饮食和生活方式带来的外加负面影响才是让肠漏症持续发生的原因，而以慢性感染来说，饮食和生活方式因子会削弱免疫系统，直到无法抵御人侵的微生物。
肠漏症发生在所有能检测出的自体免疫疾病中，包括风湿性关节炎、僵直性脊椎炎肠道炎症(克隆氏症和溃疡性大肠炎)、 乳糜泻、多发性硬化症和第一型糖尿病。肠漏症会出现在乳糜泻、克隆氏症和溃疡性大肠炎是显而易见的，毕竟都是肠道病变!但在这三种自体免疫疾病中，肠道通透性的增加都是发生在病症发展之前.没错肠漏症是先出现的。
你不见得知道自己是否患有肠漏症，也不见得会出现消化道的症状，小肠障壁被破坏会导致发炎，这在疾病发生初期不一定会有明显的症状。小肠吸收营养的表面积减少会导致微量营养元素匮乏（缺乏维生素和矿物质）这个匮乏会以各种不同的方式显现。肠道上皮细胞层受损会导致乳糖和果糖不耐以及完全消化脂肪及吸收脂溶性维生素的能力受损，不过，你可能并不认为肠漏症是这些问题的罪魁祸首。任何情况下，假如你因自体免疫疾病所苦你十分可能已经患有肠漏症。
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