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特征选择降维可视化

特征选择降维可视化

作者: monkey_study | 来源:发表于2022-11-17 17:39 被阅读0次
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一般选择1000-5000高变基因
轨迹分析用扩散图:扩散图是一种非线性数据汇总技术。由于扩散成分强调数据中的过渡,因此它们主要用于连续过程(如微分)。通常,每个扩散分量(即扩散图维度)突出不同细胞群体的异质性。
建议使用UMAP进行探索性可视化;
用于通用摘要的PCA;
以及扩散图作为PCA的替代,用于轨迹推断总结。
具有UMAP的PAGA是可视化特别复杂的数据集的合适替代方案。 一般用于大量数据

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