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R中进行parallel并行运算

R中进行parallel并行运算

作者: 嘿嘿嘿嘿哈 | 来源:发表于2022-08-05 10:33 被阅读0次

    R语言的内置并行包parallel,可以进行多线程调用。其使用方法类似于apply家族函数,常用parApply parLapply parSaplly等函数,使用方法如下:

    library(parallel) #并行计算  常用parApply parLapply parSaplly

    detectCores() #检测计算机核心数

    cl <- makeCluster(16) #指定调用的核心数

    efflen <- parLapply(cl,exon_bygeneid,function(x){

          tmp <- apply(x,1,function(y){  y[1]:y[2]  }) #输出exon长度值所有元素           

          length(unique(unlist(tmp))) #去重复并统计exon长度元素的数量

        })

    #stopCluster(cl) #停止多核计算功能

    #要注意使用时par内不能再嵌套par

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