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了解AUCell 2022-06-20

了解AUCell 2022-06-20

作者: 嘿嘿嘿嘿哈 | 来源:发表于2022-06-20 23:06 被阅读0次

    AUCell 允许在单细胞 RNA-seq 数据中识别具有活性基因集(例如特征、基因模块……)的细胞。
    AUCell 使用“曲线下面积”(AUC)来计算输入基因集的关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。
    AUC 分数在所有细胞中的分布允许探索特征的相对表达。
    由于评分方法是基于排名的,AUCell 独立于基因表达单位和标准化程序。
    此外,由于细胞是被单独评估的,因此可以轻松地将其应用于更大的数据集,如果需要,可以对表达式矩阵进行子集化。

    个人感觉其有点类似于GSVA分析,可以查看不同单细胞群体的特定通路、基因集活性情况。
    实现的代码也很简单,可参考以下文章进行实践:
    官方教程:
    Bioconductor - AUCell
    AUCell: Identifying cells with active gene sets (bioconductor.org)
    几篇很不错的介绍:
    深入理解R包AUcell对于分析单细胞的作用 - 简书 (jianshu.com)
    AUCell:计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度 - 简书 (jianshu.com)
    AUCell:在单细胞转录组中识别细胞对“基因集”的响应 - 简书 (jianshu.com)

    我取用GSE178325部分数据尝试作图如下:
    首先展示UMAP图:

    UMAP
    不同KEGG信号通路活性情况:
    KEGG_HEDGEHOG_SIGNALING_PATHWAY
    KEGG_NOTCH_SIGNALING_PATHWAY
    TGF_BETA_SIGNALING_PATHWAY
    WNT_SIGNALING_PATHWAY

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