比对

虽然已经学了好久，但是之前一直不会用脚本，只会用循环命令。还好今天用两个小时学会了脚本，现在分享出来

在cleandata文件夹下

ls `pwd`/*_1* >new_fastq_1

ls `pwd`/*_2* >new_fastq_2

paste new_fastq_1 new_fastq_2 >conf_fastq

#将脚本写入script目录中，

cd script

#新建一个名字为filter.sh脚本，并添加内容

vim bidui.sh

#脚本内容

cat ~/Lishaomei/goosecleandata/conf_fastq | while read i

do

  fqs=($i)

  fq1=${fqs[0]}

  fq2=${fqs[1]}

  echo $i

  b=$(echo $fq1 | cut -d "_" -f2)     

  c=$(echo $fq2 | cut -d "_" -f2)

        if [ $b = $c ];then

nohup hisat2 -p 6 -x /public/jychu/Lishaomei/reference/index/index -1 $fq1 -2 $fq2  -S /public/jychu/Lishaomei/bam/$b.sam

fi

done

chmod a+x bidui.sh

./bidui.sh