美文网首页生信基础知识博采众长
【干货】定量PCR科学加样流程

【干货】定量PCR科学加样流程

作者: 7aabdaa41cae | 来源:发表于2019-04-26 17:08 被阅读27次

    很多做用△△ct法做基因表达分析的“科研菜鸟”们,面临着数据不好的烦恼,典型烦恼如下:

    1. 三个技术重复的△ct始终在0.5以上,而“高手”控制在0.2左右。

    注:国际MIQE规范要求我们必须控制在0.5以内,否则数据不能用。

    2. 目的基因和内参的基因的△ct不准确,而“高手”控制的如此完美。

    注:△△ct法相对定量的原理基础是内参基因和目的基因的扩增效率一致,并接近100%。

    于是乎,快速成为传说中的“定量PCR高手”,是“科研菜鸟”们的梦想。

    图片来源网络,侵删

    告诉各位“科研菜鸟”们一个惊天的秘密,造就“定量PCR高手”并不是勤学苦练,谨慎小心地做定量PCR,而是,高手都有“葵花宝典”之武林秘笈。

    图片来源网络,侵删

    今天,小编就为你分享造就定量PCR完美数据的“武林秘笈”。

    造就定量PCR完美数据秘诀:

    “两分法”科学加样流程设计。

    “两分法”基本概念:

    “两分法”思路是指把△△ct相对定量法两大关键因素“不同模板”和“不同基因”拆分两种不同部分进行设计“总管分装式”加样。

    “不同模板”:是指不同cDNA模板,包括标准曲线中稀释的不同cDNA模板、相对定量△△ct中不同实验组或对照组的模板。

    “不同基因”:指不同引物对,每对引物所代表的是一个基因包括内参基因或目的基因。

    “两分法”加样设计:

      以QST-100系列定量PCR试剂盒为例的“两分法“加样设计原理(图一所示):

    图一

    很多“菜鸟们”总喜欢把cDNA(例:2ul)单独加样,这是“师兄师姐经验”及“某些不专业公司”的误导!!!

    因定量PCR非常灵敏,cDNA添加量的误差对ct值影响很大。所以“两分法”设计要求:凡是加同样cDNA模板孔总量和总的SYBR Green qPCR Mix总量充分混合在一起,然后分装12ul加样。这样使得cDNA加样误差降低到原来的1/6,也就是2ul/12ul。

    上下游引物先充分预混为引物对Mix,然后把加同样引物对Mix的总量和水的总量充分混合在一起,然后分装8ul加样。这样使得引物加样误差降低到单独加引物的1/5,也就是也就是1.6ul/8ul。

    “两分法”加样设计图:

    “总模板管“加样分装设计图(图二所示):

    图二

    如图二,8个样品,每样品cDNA液配一管,再分8次加样,要考虑都损失多加10%的量。“总模板管”成分计算:

     (1)每种cDNA量: 2ul×9孔×1.1=19.8ul

     (2)qPCR Mix量: 10ul×9孔×1.1=99ul

    将cDNA19.8ul加入到99ul qPCR Mix中,配成总管;移液器吹打30次混匀。取12ul分装到qPCR管或板中。

    “总引物管“加样分装设计图(图三所示):

    图三

    3对引物,每对引物Mix配一管,再分3次加样,要考虑都损失多加10%的量。“总引物管”成分计算:

    (1)每种引物量:1.6ul×26孔×1.1=45.76ul

    (2)无RNase水量:6.4ul×26孔×1.1=183.04ul

    将上下游引物Mix 45.76ul加入到183.04ul无RNase水中,配成总管;吹打20次混匀。取8ul分装到qPCR管或板中。

    “两分法”总管分装加样设计,保证了“同一模板”孔cDNA添加量达到最小误差,也保证了“同一基因”孔引物对添加量保持到最小误差,从而让你的技术重复孔SD值最小和△ct更为准确。

    哈哈,服不服?是不是得到了造就定量PCR完美数据的“武林秘笈”的感觉?

    来源:Thomas toroivd

    相关文章

      网友评论

        本文标题:【干货】定量PCR科学加样流程

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/xuyqnqtx.html