【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files

参考

fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。一个样本生成一个报告，当样本量过多时，逐一查看样本质量就稍显不方便，multiqc是一个基于Python的模块, 用于整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量。目前支持以下软件结果的整合：

image.png image.png image.png image.png

1. 首先是Multiqc的安装

在已经安装Anaconda的情况下，安装MultiQC非常简单，直接在shell命令面板中输入以下命令：

conda install -c bioconda multiqc

如果出现packages wheel conflict，可能是python3.7当中安装multiqc会有包冲突问题，解决办法可参考

2. 用multiqc对指定文件夹下fastqc生成的结果进行统计：

输入multiqc -h查看使用说明，或者直接看官方文档official_guide

# multiqc [OPTIONS] <analysis directory>
# multiqc+路径+文件名（与通配符搭配使用）
multiqc -o ./test_multiqc_out ./test_fastq_QC_out/*_fastqc.zip 

image1 image2

到这里成功安装了Multiqc，处理了4条fastqc的zip文件，并且完成了结果输出啦！