Linux010 Miniconda安装及使用
Linux018 conda虚拟环境
1 软件清单
2 创建虚拟环境
## 创建新环境RNA
conda create -n RNA
## 激活
conda activate RNA
## 查看
conda env list
3. 方法一：在RNA环境下逐个安装
## 在上述软件列表中，samtools的安装完成后使用可能会报错，在安装结束后最好是运行检查一下
conda install samtools
samtools --help
其他软件安装同上，安装过程中遇到yes|no询问，输入y/yes即可，安装完成后，调用软件查看是否安装成功，如bedtools, bedtools --help
# 如果在安装过程中发现安装速度太慢，可以终止安装，重新切换清华镜像安装
# conda install -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ fastqc
conda install bedtools
conda install bowtie2
conda install bwa
conda install fastqc
conda install gatk4
conda install hisat2
conda install multiqc
conda install trimmomatic
conda install vcftools
4 方法二：在RNA环境下批量安装
4.1 命令行
conda install fastqc bwa …
4.2 指定安装文件
# 新建个txt文件，使用插入模式（i），将带安装的软件输入，按ESC进入一般模式，输入':wq'退出
vim install.txt
# 指定上述创建的软件清单进行安装
conda install --file install.txt
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