在线做logo图

作者: gtt儿_生物信息学习 | 来源:发表于2019-07-13 12:40 被阅读9次

WebLogo 是一款在线创建序列标识图的在线软件(http://weblogo.threeplusone.com/),可以很容易用来做序列的logo图。

用dna或者氨基酸数据或者是位置权重的矩阵文件作为输入,then Create WebLogo,就可以产生我们需要的图了。有一些参数可以在create weblogo之前根据自己的需求选择。weblogo支持很多种输入格式,像 CLUSTALW, FASTA, plain flatfile, MSF, NBRF, PIR, NEXUS and PHYLIP等。weblogo即使有这么多种可输入的文件格式,对文件的内容也是有要求的,要求所有的输入序列长度必须相等,否则会报错并无法输出结果。

最终正确结果如图所示:

image

但是在使用此网站的过程中,不用一下提交太多任务,如果提交了太多,ip地址是会被封的哟。那如果有太多任务了怎么办呢,作者提供了code,如果需要,可以下载code到自己的电脑上,然后在自己电脑上运行即可。

若为生物信息学习感兴趣,欢迎关注微信公众号:生物信息学习。会定期或不定期把我之前的笔记更新出来。

image

参考文献:

Crooks GE, Hon G, Chandonia JM, Brenner SE WebLogo: A sequence logo generator, Genome Research, 14:1188-1190, (2004)

相关文章

网友评论

    本文标题:在线做logo图

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/yaipkctx.html