cellranger(一)

上一节我们学习了10X Genomics的测序原理，这节我们来看看如何使用官方推荐的软件cell ranger来分析数据。Cell Ranger是由10x Genomics公司提供的一套用于处理单细胞RNA测序数据的工具。官网对其进行了详细的介绍和使用说明。可以通过10x Genomics Cloud Analysis使用这个软件或者将其安装到本地。

安装

CellRanger必须在Linux系统下运行。首先去下载Linux版本对应的软件安装包，下载之前需要先提交许可证相关信息。然后登录自己的服务器并使用mkdir 和cd等命令建立并进入到软件安装目录。使用下面的命令下载软件。

curl -o cellranger-6.1.2.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-6.1.2.tar.gz?Expires=1641366506&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci02LjEuMi50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2NDEzNjY1MDZ9fX1dfQ__&Signature=kaV8~ZabHhyDykUhbN~F78PDQfNZ64IamgsGc1nOSghFKPr0fbZ3WJk-2eWYh7IEt-KupenYP89W1zHi4lrxF~ZBbuP4NTaKEAa-G6ILJoX-VdyFnktkXFYDHgzEJ8ABq-NM6RWn20WD3a9BITNHTIWPtxjM-NaXAuR5uc5PuAEgjSDaQ2QBAQr~1q4aSM-~vJt~ia5e8acTz9RlM24EluLqfO59VCtAorP-5iJRwvLw9DjfrTlDtWfy3M2LSXp5OGmVJH1WUQReLK~0iZX2e8~vrHlAYpuxMa0Lgil6oHQ5s6vc~Dod3Aqpjb9sM~wuVo80zi4EqJ5nq0LU8SNbiQ__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"

如果系统没有curl命令，可以使用wget命令，复制如下命令行：

wget -O cellranger-6.1.2.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-6.1.2.tar.gz?Expires=1641366506&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci02LjEuMi50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2NDEzNjY1MDZ9fX1dfQ__&Signature=kaV8~ZabHhyDykUhbN~F78PDQfNZ64IamgsGc1nOSghFKPr0fbZ3WJk-2eWYh7IEt-KupenYP89W1zHi4lrxF~ZBbuP4NTaKEAa-G6ILJoX-VdyFnktkXFYDHgzEJ8ABq-NM6RWn20WD3a9BITNHTIWPtxjM-NaXAuR5uc5PuAEgjSDaQ2QBAQr~1q4aSM-~vJt~ia5e8acTz9RlM24EluLqfO59VCtAorP-5iJRwvLw9DjfrTlDtWfy3M2LSXp5OGmVJH1WUQReLK~0iZX2e8~vrHlAYpuxMa0Lgil6oHQ5s6vc~Dod3Aqpjb9sM~wuVo80zi4EqJ5nq0LU8SNbiQ__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"

注意：如果上述链接失效，可以去官网复制最新命令

下载界面如下所示：

% Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                               Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100  767M  100  767M    0     0   124M      0  0:00:06  0:00:06 --:--:--  131M

下载完成之后，使用ls命令查看下载的文件

$ ls #查看下载的文件
cellranger-6.1.2.tar.gz
$ tar -zxvf cellranger-6.1.2.tar.gz #解压文件，如果是.tar.xz后缀，使用tar -xvf命令
cellranger-6.1.2/
cellranger-6.1.2/.env.json
cellranger-6.1.2/.version
cellranger-6.1.2/LICENSE
cellranger-6.1.2/builtwith.json
...
$ cd cellranger-6.1.2
$ pwd #查看绝对路径
/path/to/your/workdir/cellranger-6.1.2
$ export PATH=/mnt/home/user.name/yard/apps/cellranger-6.1.2:$PATH #添加路径到系统环境中
$ cellranger #查看是否可以正常使用
USAGE:
    cellranger 
 
FLAGS:
    -h, --help       Prints help information
    -V, --version    Prints version information
 
SUBCOMMANDS:
    count            Count gene expression (targeted or whole-
                     transcriptome) and/or feature barcode reads from a
                     single sample and GEM well
    multi            Analyze multiplexed data or combined gene
                     expression/immune profiling/feature barcode data
...