美文网首页技术专题
单细胞转录组及空间转录组学习资源

单细胞转录组及空间转录组学习资源

作者: 夕颜00 | 来源:发表于2021-09-13 17:16 被阅读0次

(1). 单细胞上游软件cellranger:单细胞上游软件cellranger从头说

(2). singleR操作说明:singleR

(3). seurat操作说明:seurat官网;seurat官方教程:seurat教程

(4). 多组学单细胞教程:OSCA

(5).单细胞课程:
scrnaseq-course
SingleCellWorkshop2020
NBIS-2021
youtube-videos
哈佛大学单细胞课程

(6).10x公司的案例video:video案例

(7). 单细胞去除批次效应的软件合集文章:
A benchmark of batch-effect correction methods for single-cell RNA sequencing data,可白嫖GitHub上的操作:Github入口,上面有各类软件的测试数据和使用代码

(8).分析类流程:Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial

(9).单细胞细胞注释方法类文章:Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcriptomic maps using automated and manual methods

(10). 单细胞轨迹推断个人比较推荐使用dyno,因为该软件集合了很多种逆时间分析的算法,并且做成了shiny,网址:https://github.com/dynverse/dyno

(11). 附加一个空间转录组的教程:空间转录组教程

转载来自 作者:小潤澤 链接:https://www.jianshu.com/p/b7363e6df316

相关文章

网友评论

    本文标题:单细胞转录组及空间转录组学习资源

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/dbpfgltx.html