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随着肿瘤精准治疗的时代到来，未来的十年，免疫治疗仍将是肿瘤治疗的黄金十年，精准治疗要求我们选择精准的疾病靶点，因此，对于疾病相关的分子病理学认识至关重要。而根据数据库进行的生信分析，为我们对疾病分子的认识也起到了积极的作用。今天，我们将解读一篇5.3分的SCI生信文章——作者通过分析预测了一个新的疾病治疗的靶点“TIM-3基因”，相信这篇文章将让大家觉得在百味科研芝士的学习是学有所得，学有所用。
首先，我们来看看标题和IF，毕竟IF比较吸引大家~
这是一篇有关神经胶质瘤与TIM-3基因的纯生信文章，没有具体的实验验证，所以不需要你费时费体力，不需要你费脑费金币。好了，起驾吧！
1、摘要
摘要文字不少，但作者目的很明确，欲扬先抑，免疫检测点阻断治疗肿瘤好不好？好。但是，免疫相关副作用太大了，因此再找找其他的免疫检测点——TIM-3，想弄清TIM-3与胶质瘤之间的关系。一起看看作者的文章分析思路：作者用CGGA数据库中胶质瘤患者的RNA-seq数据分析，用TCGA数据库中胶质瘤患者的RNA-seq数据做了验证，以及相关性分析和生存分析。通过以上分析最终作者发现了TIM-3这个基因好，好在某些情况可以替代PD-1/PD-L1靶点（这个厉害了！）。(此处给大家留个疑问，作者是如何锚定的TIM-3基因呢？差异基因？枢纽基因？关键基因？驱动基因？明星分子？文献报道？)
2、数据的下载
从CGGA数据库中下载325例胶质瘤样本进行分析，TCGA数据库中699例胶质瘤样本进行验证。关于TCGA数据下载，请关注本公众号“TCGA数据库教程”栏目。
3、TIM-3基因表达与胶质瘤之间的关系
作者分别用CCGA和TCGA数据集分析了不同胶质瘤分级、胶质瘤IDH状态与TIM-3基因表达水平的差异，最终用箱线图展现了结果，不会画箱式图的请看我们最新推出的医学科研R语言绘图精品课程，手把手教代码，详细易学好上手，重要的是免费！！（公众号后台回复：R绘图）。
此外，作者还分析了不同胶质瘤类型与TIM-3基因表达水平的差异，发现在“mesenchymal molecular subtype glioma”这种胶质瘤中表达较高。同时用ROC曲线说明了TIM-3基因在预测胶质瘤中的敏感性和特异性。
4、胶质瘤中TIM-3基因与免疫功能的关系
胶质瘤中TIM-3与免疫功能密切相关。GO分析表明，在CGGA和TCGA数据库中，TIM-3主要参与肿瘤免疫反应和炎症反应。GO的分析通过DAVID网站来实现，关于功能富集分析，我们可以用DAVID及Metascape进行操作，二者的实操帖子请参见
DAVID&Metascape：专注于基因功能注释和富集通路分析的网站
TIM-3与免疫应答的相关性分析：作者通过AmiGO2网站(http://amigo.geneontology.org/amigo/landing)下载了TIM-3免疫应答相关的基因集，选择与TIM-3相关的基因制作了热图。图中展示了不同样本的分子亚型、IDH状态、TIM-3基因的表达量。图中可以看出大多数免疫应答相关基因与TIM-3表达呈显著正相关，而有仍有少数基因与Tim-3表达呈显著负相关。
TIM-3与T细胞免疫功能/炎症的关系：通过比较不同免疫细胞与TIM-3基因之间的关系，以及炎症与TIM-3基因之间的关系。
5、生存分析
最后不可或缺的是TIM-3基因与胶质瘤预后的关系，也就是生存分析。生存曲线可以用很多工具实现，这里提几个：最简单的SPSS软件、Kaplan-Meier在线分析、OncoLnc网站，R语言等，所有的生存分析实操请参加我们的推文
最全生存分析网页版工具，你掌握了几种？
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最后我们总结一下文章的思路：
1、生信数据的下载：本文中三个数据库CGGA、TCGA、AmiGO2网站；
2、基因表达谱的分析：可以从肿瘤分级、分型、基因状态等来进行；
3、免疫相关分析：可以从免疫功能注释、免疫细胞、分子免疫亚型等方面入手；
4、预后生存分析：根据基因表达水平高低制作生存曲线图。
然而，文章思路固然重要，实战分析能力也是同等重要，毕竟：工欲善其事，必先利其器。R语言一下就凉了多少科研狗的心(看看本文的R包：ggplot2, pheatmap, pROC and corrgram) 。为此针对医学科研工作者发文需求，解决科研人的没有基础，毫无头绪；一看就烦，无从拾起；一跑就错，难找原因；百度半天，不知所云，我们特地录制了零基础3小时掌握R语言高端作图教程，精心挑选的8大类图形都是SCI论文上常见的图形，学完之后可以立即应用在自己的SCI文章里，详情点击：
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