ChIP-seq简介

作者: TOP生物信息 | 来源:发表于2019-06-17 01:50 被阅读56次

    在B站上找到一个介绍ChIP-seq的视频:A gentle introduction to ChIP-Seq

    ChIP-seq用于鉴定能被某种蛋白质结合的基因组区域

    第1步:将所有蛋白以及蛋白能结合的DNA固定下来

    包括我们感兴趣的蛋白

    也包括其他蛋白

    第2步:将DNA打断至300bp的片段
    第3步:用可以结合我们感兴趣的蛋白的抗体去结合这些片段,并吸附
    第4步:除去各种蛋白

    得到我们感兴趣的蛋白质可以特异结合的DNA片段

    第5步:加接头测序
    第6步:数据过滤+比对到基因组

    比对之后,可以得到很多位置区间

    第7步:确定peaks
    仔细理解上面一句英文

    注意

    1. 需要对照(ChIP-seq的实验部分是类似的,唯一的区别是没有抗体结合这一步)
    2. 结合基因组浏览器更直观
    3. 需要统计学显著
    第8步:是否可以找出motif
    第9步:结合peaks的位置(也就是蛋白结合DNA的位置)推测对于基因表达的影响

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