Fig. 1. 「从基因到蛋白质互作」的IP-MS整体技术服务流程。
① 构建靶基因（target gene）过表达质粒。
②通过转导/转染等方式，构建稳定表达target蛋白的细胞株。
③ Co-IP富集互作蛋白质复合物。本步骤是关键，通过SDS-PAGE分离，能（1）判断Co-IP是否成功，箭头所指是三个项目（Project A-C）中分别明显富集到的target蛋白。（2）与对照组（Control）相比，target组有明显的差异条带，方可进行后续的LC-MS鉴定。
④差异条带质谱（LC-MS）鉴定。以Project C为例，共切割了6个差异条带（红色星号所示），通过LC-MS共鉴定（ID：identification）到了952个蛋白（FDR<1，peptide≥2）。
⑤质谱数据分析，剔除非特异性粘附和假阳性，筛选新的与target的互作蛋白（最终从MS鉴定到的952蛋白质中确定了6个）。本步骤中技术和学术积累是核心，生物信息学分析的作用非常有限。
⑥ 候选互作蛋白验证。对挑选的6个候选蛋白，利用Co-IP结合western blot（WB）进行验证，3个阳性（A-C），3个阴性（D-F），50%的阳性率！
本数据完全按照上述Fig. 1的流程进行。研究者按照我司提供的方案构建了稳定表达Med19的细胞系（步骤①和②）和培养扩增了细胞。步骤③、④、⑤、⑥完全由我司完成，切割了9个差异条带（图A），共鉴定到了875个蛋白（FDR<1，peptide≥2）。我方通过数据分析，最终挑选了6个候选蛋白进行验证，EGFR、RAF1和MAPK14等三个蛋白为Med19的全新相互作用蛋白（图B），验证阳性率50%！
我们的技术助力，将Med19与EGFR信号通路关联，增加了分子机理的内容，使文章的深度和可读性更强，提升了研究成果的档次。如果能进一步增加Med19与EGFR作用的具体结构域/基序/位点（domain/motif/site）的生化实验数据，文章档次应该不会止步于此。
例子
LncRNA GClnc1 Promotes Gastric Carcinogenesis and May Act as a Modular Scaffold of WDR5 and KAT2A Complexes to Specify the Histone Modification Pattern.
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