随着二代测序技术的发展，越来越多的根据肿瘤的遗传学及表观遗传学所开展的临床实验，正在积极的推进。但是现实是残酷的，只有1/3的患者能够表现出显著的临床获益。这要求我们进行积极的反思，除了遗传学和表观遗传学特征之外，肿瘤所处的微环境细胞的抑制性细胞之间的联系，这些都可能对肿瘤的生物学特征造成影响，当然这也会导致治疗效果方面的差异。
比如在针对BRAFV600E基因突变的靶向药物Vemurafenib（维莫非尼）的治疗研究中，在黑色素瘤患者可以显著获益，但是具有同样突变的大肠癌，却没有对此药物获得显著疗效。（Hyman, D.M., et al. (2015). Vemurafenib in multiple nonmelanoma cancers with BRAF V600 mutations. N. Engl. J. Med. 373, 726–736.）这可能归因于结直肠癌EGFR通路有反馈激活，但黑色素瘤中却没有（Prahallad, A., et al (2012). Unresponsiveness of colon cancer to BRAF(V600E) inhibition through feedback activation of EGFR. Nature 483, 100–103.）。随着技术的发展，细胞分子学特征、功能反应，乃至肿瘤组织当中的空间分布、细胞间的相互作用等检测成为可能。在目前为止，这些尖端技术还并不能应用于临床决策。
刚刚在Cancer Cell上发表了一篇瑞士科学家所进行的 "the tumor profiler study，Tupro"进行了这方面的有益的尝试。Irmisch et al., The Tumor Profiler Study: integrated, multi-omic, functional tumor profiling for clinical decision support, Cancer Cell (2021), https://doi.org/10.1016/j.ccell.2021.01.004
Workflow
研究流程包括患者登记、样本采集、不同技术平台分析和数据整合、分子研究和总结报告的创建和讨论、肿瘤前版块讨论治疗方案、肿瘤版块最终决定治疗方案。采集的数据量是巨大的，通过10项平台的数据采集。每个病人大概有500个GB的数据。达到最后的临床决策阶段，整个分析过程需要4周的时间。这真是一个纯粹的多学科综合诊疗团队，从最前沿的基础技术到最迫切的临床需求。整个合作过程，研究的深度广度，创新度叹为观止。研究具有实践性和前瞻性的临床决策分三个层面，第一是常规的生物标志物，第2种是正在开展研究当中的标志物，第3种是探索性的标志物。尽管这个庞大的研究团队，目前看来。对每一个患者都进行实施是困难的，但是基于目前技术进步的速度，如果这个研究的结论有望实现的话，那么也可能比我们预期更早实现个体化精准治疗。
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