MeRIPseqPipe分析拆解01-资源介绍

最近关注到一篇文献，发表了一个针对MeRIP Seq数据分析的整合流程，并将全部代码开源发布到了GitHub上，一起来看下这个资源，并进行步骤拆解。

文献信息

• 标题：MeRIPseqPipe: an integrated analysis pipeline for MeRIP-seq data based on Nextflow
• Doi：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac025
• 发表杂志：Bioinformatics
• 发表时间：12 January 2022
• 作者：[Zhixiang Zuo](javascript:;) 华南肿瘤学国家重点实验室，肿瘤中心，肿瘤医学协作创新中心，中山大学

代码：https://github.com/canceromics/MeRIPseqPipe，
流程基于Nextflow and Docker开发
我这次把其中的核心分析代码提取出来，转化为sh脚本

简单介绍：

MeRIPseqPipe是一个集成的自动pipline，可以为用户提供一个友好的解决方案来执行MeRIP-seq数据的深入挖掘。它集成了许多功能分析模块，范围从基本处理到下游分析。所有的过程都嵌入到带有文档支持的Nextflow中，这确保了分析的高重现性和可伸缩性。MeRIPseqPipe特别适合用一个简单的命令一次分析大量的样本。最终的输出目录是基于每个步骤和工具来构建的。并且，包含各种表和绘图的可视化报告以HTML文件的形式提供。

分析流程：

image-20220310143058511

包括了：

• 质控
• rRNA去除
• 比对
• Peak识别
• Peak合并
• Peak注释
• Motif分析
• 单位点的m6A分析
• 甲基化定量
• 差异甲基化分析
• 基因表达定量
• 差异表达基因分析