4C技术：环形染色质构象捕获技术，改进了3C技术，使其文库变成环形文库，通过反向引物进行扩增获得与特定位点互作的全基因组调控元件。4C技术常用于鉴定特定位点的互作图谱。比如在2019年ecDNA的研究中通过4C技术EGFR的互作位点，结合H3K27ac数据鉴定其enhancer，通过WGS数据，发现EGFR和其enhancer是共拷贝的，提出在胶质瘤细胞系中，EGFR与其enhancer以ecDNA的形式发生了快速扩增。
ChIA-PET：是一项整合了ChIP免疫共沉淀，近距离连接反应和双末端标签的技术，它可以用于鉴定特定蛋白介导的染色质互作。
例如，在液相分离的研究中，通过chiapet对Nanong周围的调控关系进行研究，发现转录因子招募meditor共同绑定super enhancer以液滴的形式在细胞中进行调控
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