conda的常用命令

conda直接安装可能会污染原来的环境，把你原来设置好的东西进行更改。所以使用conda安装软件一定要记得使用conda create命令在conda的虚拟环境中安装软件，这样就可以跟原来的环境独立开来。

1.环境的创建和使用

conda create -n env_name  # env_name为创建的环境名
conda install -n env_name soft_name # 在环境env-name环境中安装某软件
conda activate env_name # 激活某一环境（安装在某一环境下的安装包需要激活该环境才能使用）
conda deactivate #退出当前环境
conda remove -n env_name --all #删除某一环境
conda env list #查看已经存在的环境

重命名环境

conda并没有提供这样的功能，但是可以先克隆一个原来的环境，命名成新的环境，再把原来的环境删掉。

conda create -n python2 --clone py2
conda remove -n py2 --all

2.安装软件包

conda install soft_name#一般要在前面加环境在独立环境中安装如conda install -n env_name soft_name

安装指定版本，以fastqc为例，先使用conda search fastqc获得版本号

image.png

conda install fastqc=0.11.2 #安装fastqc 0.11.2版

安装多个包

conda install soft_name1 soft_name2

包更新

conda update conda #更新conda
conda update python #更新python
conda update soft_name #更新某一软件

删除包

conda remove soft_name #删除当前环境下某个软件包
conda remove -n env_name soft_name #删除制定环境下的某个软件包
conda remove soft_name1 soft_name2 #删除当前环境下多个软件包

查看软件包

conda list #查看当前环境下所有安装的软件包
conda lits -n env_name #查看某环境下所有安装的软件包

3.卸载

rm -rf conda