15#population genetics#Streptomy

Cheng K, Rong X, Pinto-Tomás AA, et al (2015) Population genetic analysis of Streptomyces albidoflavus reveals habitat barriers to homologous recombination in the diversification of streptomycetes. Appl Environ Microbiol 81:966–975. https://doi.org/10.1128/AEM.02925-14

研究种群结构以及重组和生态学对微生物种群的影响，对于理解微生物进化和物种形成具有重要意义。链霉菌是一种多样的细菌，广泛分布于自然界，是有用的生物活性化合物的丰富来源；然而，缺乏群体遗传学调查。应用了一种基于五个基因的多位点序列分析（MLSA）方案，对来自不同来源（主要是昆虫、海洋和土壤）的41株白色链霉菌Streptomyces albidoflavus进行了分析。在白色链霉菌中检测到频繁的重组，这得到了来自成对同源性指数（）测试、系统发育不一致性、长谷川岛田（SH）测试和网络分析的多条证据的支持，支持了链霉菌物种内同源重组的优势。在系统发育和Structure软件分析中也观察到强烈的栖息地信号，表明生态差异在形成种群结构中的重要性。此外，所有三个与栖息地相关的群体，尤其是昆虫群体，都表现出彼此之间的基因流动水平显著降低，总体上揭示了栖息地重组的障碍。因此，对于白化黄链球菌来说，同源重组和生态学的综合效应是可以推断的，在这种情况下，动态进化至少在一定程度上是平衡的，因为菌株在栖息地之间的差异分布限制了遗传交换。我们的研究强调了生态学在微生物物种形成中的重要性，揭示了链霉菌进化过程中同源重组和生态分化的共存。

supported by multiple lines of evidence from 来自多条证据的支持