Circos安装记录

在实验室一个Ubuntu系统的服务器中安装Circos-0.67

1. 首先检查Perl版本是否高于5.22，如果Perl版本较低，则需要升级

2. 开始安装Circos：

   Circos是基于Perl脚本的程序，所以Circos的安装难度主要在于Perl模块，至于Circos本身的安装包，下载之后直接解压即可。

   首先看一下安装Circos需要哪些支持模块：

    cd /qys/software/circos-0.67/bin

    qys@60533lab:~/software/circos-0.67/bin$ ./list.modules

    Carp

    Clone

    Config::General

    ...

    GD

    GD::Image

    ...

    Storable

    Sys::Hostname

    Text::Balanced

    Text::Format

    Time::HiRes

以上是安装Circos所需要的所有模块，然后看一下哪些模块需要安装：

qys@60533lab:~/software/circos-0.67/bin$ ./test.modules

Circos can now list its own modules.

> circos -modules

qys@60533lab:~/software/circos-0.67/bin$./circos -modules

ok 1.38 Carp

ok 0.38 Clone

... ...

ok 2.56 GD

ok 0.2 GD::Polyline

... ...

ok 1.19 Set::IntSpan

ok 1.6611 Statistics::Basic

ok 2.53_01 Storable

ok 1.20 Sys::Hostname

ok 2.03 Text::Balanced

ok 0.59 Text::Format

ok 1.9733 Time::HiRes

因为已经安装好了，所以看到每个模块前面都是OK，如果存在缺失的模块，前面就是missing，关于安装的方法，除了GD等较为复杂的模块，其他都可以参照如下命令：

cpan -i <模块名>

（这一步中，在shell中输入./circos -modules可能会遇到如下错误：-bash: /bin/env: No such file or directory，在系统上env这个二进制文件的位置不是一个标准的位置，需要在文件或者系统中适当调整，首先查找到env这个文件的位置：

>which env
/usr/bin/env

解决措施：我是直接做了一个软链接：

>sudo su
cd /bin
ln -s /usr/bin/env env）

如果GD模块没有安装，需要确认一下系统中是否存在 zlib，freetype，jpeg，libpng，如果都有的话，下载 libgd，然后安装

安装好libgd，再通过 cpan安装GD ： cpan -i GD

最后确认circos需要的模块是否都已经安装完毕 ./circos -modules

确认全是OK之后，运行：

>circos -man

NAME

                                        ____ _

                                      / ___(_)_ __ ___ ___  ___

                                      | |  | | '__/ __/ _ \/ __|

                                      | |___| | | | (_| (_) \__ \

                                      \____|_|_|  \___\___/|___/

                                                    round is good

    circos - generate circularly composited information graphics

SYNOPSIS

      # guess location of configuration file

      circos

      # use specific configuration file

      circos -conf circos.conf [-silent]

      # diagnose required modules

      circos -modules