德意志的长期分裂要追溯到查理曼帝国时代的分裂以及教权和世俗权利的斗争。
查理曼帝国分裂后，法兰克这个名称就此留给西法兰克人专用，以后叫成法兰西。东法兰克王国大致包括今天的西德、荷兰、瑞士和奥地利，这些地区当时地理上称日耳曼，中文将其译为德意志，故德意志王国就是日耳曼王国。
911年，德意志的加洛林王朝统治告终。919年萨克森公爵被选为王，开始了德国的萨克森王朝。奥托一世时，德意志强盛起来，由于他帮助教皇平定内乱，962年被加冕为“神圣罗马皇帝”，被认为是查理曼的“罗马皇帝”的合法继承人。从此德国在中世纪被称为神圣罗马帝国，其地域也包括到了意大利北部。
神圣罗马帝国皇帝这时名义上也是西欧国家所有封建主的最高君主，其他封建主至大也不过是国王。神圣罗马帝国皇帝的称号看起来确实崇高伟大，然而它为帝国及其皇帝带来的不是荣耀，而是麻烦。麻烦来自同教会和教皇的争执，来自同意大利和罗马的争执，也来自同帝国内外王公诸侯的争执。
八、九世纪以来，教会逐渐形成了一种“世界帝国与世界宗教”的理论。这一理论认为基督教和罗马帝国都具有世界性，两者是重和的。罗马教皇作为上帝的代理人，管理世人的灵魂，罗马皇帝作为上帝的代理人，管理尘世事务，而其主要职责是保卫教会。皇帝对这一理论自然不能接受。于是伴随着理论之争的便是一系列政治军事冲突。
11世纪的形势有利于教会而不利于皇帝。德意志封建化的完成增强了离心主义的势力。教会则因克吕尼运动而得到加强。教皇哥里格利七世提出了皇帝之于教皇犹如月光之于日光的理论，指出皇帝必须依赖于教皇。70年代发生的主教授职权之争是教皇与皇帝之间的第一次尖锐冲突。教皇利用诸侯反皇帝势力的强大，并凭借自己手中的绝罚权力，迫使亨利四世接受卡诺沙的屈辱。这场斗争一直延续到下一个世纪初，到1122年双方的继承者缔结了沃姆斯宗教协定才告结束。皇帝不但把从来属于自己的主教授职权丢掉一半，在其他方面损失也甚多。在此期间发生的十字军东征的领导权，本来应当属于作为基督教世界捍卫者的皇帝所有，但却被教皇拔了头筹。皇帝的臣属，包括德意志的封建主和意大利的城市，都从教皇身上看到了抵制皇帝的力量，到13世纪初教皇英诺森三世在位时，教会和教皇的势力极盛，皇帝只能甘拜下风了。
另一方面，皇帝自认为其承袭罗马帝国传统，坚持在罗马圣彼得大教堂举行加冕礼。他还垂涎意大利城市的富庶，更希望把持罗马借以控制教皇。因此罗马成为许多皇帝登位以后首先要前往的目标，同时也就成为他们丧师铩羽的陷阱。
从奥托一世起的三个世纪中，几乎每一位皇帝都亲自统兵直趋罗马。其中，霍亨斯陶芬王朝的红胡子腓特烈一世曾六次攻侵意大利，前后达30年。他虽然获得加冕，但却是得不偿失：皇帝因干预教皇选举而与后者结下仇恨；军队的暴行激起意大利城市的敌视，他们不再依附于皇帝；皇帝长期出征域外，无暇顾及国内，诸侯乘机扩充实力，日益坐大。例如在十字军东征过程中，德国一些封建诸侯就组建了德意志骑士团，向易北河以东和维斯瓦河下游的西斯拉夫人地区扩张，1158年在波罗的海沿岸建立了第一个德意志城市吕贝克，以后又相继侵占了勃兰登堡、西里西亚等地，建麦克伦堡、勃兰登堡侯国（1244年建柏林城）。从13世纪初到80年代，骑士团又侵占了波罗的海沿岸的爱沙尼亚、立沃尼亚和普鲁士。这样，由于历任皇帝都把帝国政策的重点放在意大利，而把对东方的政策交给东部边区的伯爵负责，其结果，是皇帝分散了统治德国的力量，最终受制于德国各大诸侯。
到了红胡子腓特烈的孙子腓特烈二世时期，德国的分裂割据状态就基本确立了。腓特烈二世一生大部分时间住在意大利南部，连德国话都不会说。他对德国大封建诸侯做了许多至关紧要的让步，把关税权、开办集市权、铸币权都划入大封建主的权力之内，使大封建主变成了各邦诸侯，形成合法的独立国家。
1254年到1273年，德国历史上出现了没有皇帝的大空位时期。此后，德国诸侯在每次选举皇帝时，总是力图选举势力较小而不损害他们独立的君主来作皇帝，所以在以后一段时间皇位总是由不同王朝的诸侯前后接替。这些出身“可怜家族”的皇帝上台后都致力于夺地、联姻，以扩大家业，而每一家族上台都要对大诸侯让步。当然，皇位又成为在位家族扩张领土的手段，后来逐渐形成三个家族对皇位的争夺：奥地利的哈布斯堡家族（四次上台），波希米亚的卢森堡家族（二次上台），巴伐利亚的魏特尔斯巴赫家族（一次上台）。这些争夺一直延续到14世纪上半期。
在这一时期，常常同时有两个皇帝，两帝争斗时，教皇也来参与操纵。为排除教皇干预，1338年在伦塞召开选侯会，共有七大选侯，包括三个主教选侯，四个世俗选侯。会议决定，选侯选出的德皇，无须取得教皇同意。1356年查理四世颁布“黄金诏书”，明确规定皇帝由七大选侯选举产生，大诸侯在各自领地内有独立的法律、税收权和军队，而选侯则有绝对君主权力。在这种情况下，帝国的瓦解过程开始。15世纪中期，在普鲁士的德国骑士团国家归入波兰统治，还有一部分地区归入丹麦，瑞士则成为帝国之外的独立国家。1452年，腓特烈三世皇帝最后一次在罗马加冕，国号也改称“德意志的神圣罗马帝国”，表明帝国疆域日缩，只限于德意志一地了。
所以到16世纪的德国宗教改革前夕，德国有七大选侯，十几个大诸侯，二百多个小诸侯，上千个独立的骑士领地。所以18世纪法国启蒙思想家伏尔泰说神圣罗马帝国：既非神圣，又非罗马，更非帝国。
七年战争形势图
而16世纪以后，法国、瑞典，以及俄国先后逐渐完成了中央集权的建立，开始扩大势力，而德意志处在中央地带，所以就成为了缓冲地带。各个大国都不希望德意志统一，所以华伦斯坦试图统一德国的努力遭到了大国的极力阻止，最终被贵族所害。而七年战争中普鲁士甚至遭到围攻。
直到拿破仑搅乱欧洲，建立莱因联邦后，德意志的版图才被大幅度简化，剩下39个邦国，而随后俾斯麦利用克里木战争后，奥地利和俄国关系恶化的良机，在确保大国不介入的情况下，先后打败丹麦、奥地利和法国，终于在1871年统一德国。
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