2021-06-28R语言如何获得一个表达矩阵

1.下载安装GEOquery包

options(stringsAsFactors = F)##避免将character转换为因子
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
if(!require("GEOquery")) BiocManager::install("GEOquery")
library(GEOquery)
library(dplyr)
#browseVignettes("GEOquery")##获取帮助

2.下载GEO数据xxxx

gse <- getGEO("GSExxxx, GSEMatrix = TRUE) 
show(gse)

如果报错
Error in open.connection(x, "rb") :
Failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov port 443: Operation timed out
可以刷新重试可以解决，无需紧张（我查过其他原因，暂未找到原因，可能是网络连接不好吧）

3.提取表达矩阵及metadata

class(gse)
str(gse)
a<-gse[[1]]
b<-gse[[2]]
class(gse[[1]])##ExpressionSet

##提取第一个数据集的phenodata
dim(pData(gse[[1]]))
metdata<-pData(gse[[1]])
metdata[1:5,1:5]
colnames(metdata)##phenodata信息很多，但用得上的很少

##提取第一个表达矩阵
expma<-exprs(a)
dim(expma)
expma[1:5,1:5]
save(metdata,expma,file = "expma.Rdata")

结果：

GSM188013 GSM188014 GSM188016 GSM188018 GSM188020
1007_s_at 15630.200 17048.800 13667.500 15138.800 10766.600
1053_at    3614.400  3563.220  2604.650  1945.710  3371.290
117_at     1032.670  1164.150   510.692  5061.200   452.166
121_at     5917.800  6826.670  4562.440  5870.130  3869.480
1255_g_at   224.525   395.025   207.087   164.835   111.609