论文日鉴2--肿瘤与TCR

Neoantigen-specific CD8 T cell responses in the peripheral blood following PD-L1 blockade might predict therapy outcome in metastatic urothelial carcinoma

Pd-l1阻滞后外周血中新抗原特异性 CD8 t 细胞反应可能预测转移性尿路上皮癌的治疗结果

CD8 + t 细胞对肿瘤突变产生的新抗原的反应性被广泛认为可以促进免疫检查点阻断(ICB)诱导的抗肿瘤免疫。在这里，我们表明，在治疗前到治疗后3周，新抗原反应性 CD8 + t 细胞(NART)数量的增加，可以区分受控疾病的患者和用 pd-l1阻滞剂治疗的转移性尿路上皮癌(mUC)进展性疾病的患者。对临床试验 nct02108652中24名患者的 DNA 条形码标记 pMHC 多聚体组成的患者特异性新瘤肽文库进行外周 CD8 + t 细胞识别的纵向分析也表明，来自疾病控制患者的外周 NARTs 具有 PD1 + Ki67 + 效应表型，与旁观者体细胞和病毒抗原反应性 CD8 + t 细胞相比，cd39水平增加。这项研究为 ICB 后的 NART 特征提供了深入的见解，并表明早期 NART 的扩展和激活与 mUC 患者对 ICB 的反应有关。

ambj/MuPeXI: MuPeXI: the mutant peptide extractor and informer, a tool for predicting neo-epitopes from tumor sequencing data. (github.com)

预测肿瘤抗原表位

MuPeXI/MuPeXI.py at master · ambj/MuPeXI (github.com)

Tuning T cell receptor sensitivity through catch bond engineering
通过捕获键工程调整 T 细胞受体敏感性
Tuning T cell receptor sensitivity through catch bond engineering (science.org)

使用工程化 T 细胞受体 (TCR) 的过继细胞疗法是一种很有前景的靶向癌症抗原的方法，但肿瘤反应性 TCR 通常对其靶配体、肽-主要组织相容性复合物 (pMHC) 的反应较弱。亲和力成熟的 TCR 可以增强 TCR-T 细胞治疗的功效，但也可以与脱靶抗原发生交叉反应，导致器官免疫病理学。我们开发了一种替代策略来分离 TCR 突变体，这些突变体表现出高激活信号以及通过捕获键的获取与低亲和力 pMHC 结合。肿瘤抗原 MAGE-A3 特异性 TCR 的工程类似物保持生理亲和力，同时表现出增强的靶杀伤效力和不可检测的交叉反应性，与临床测试的高亲和力 TCR 相比，它与心脏抗原表现出致命的交叉反应性。捕获键工程是一种基于生物物理的策略，用于调整用于 T 细胞治疗的高灵敏度 TCR，降低不良交叉反应的可能性

HLA autoimmune risk alleles restrict the hypervariable region of T cell receptors

人类白细胞抗原白细胞抗原基因多态性强烈影响自体免疫性疾病。HLA 危险等位基因可能影响胸腺选择，增加 t 细胞受体(TCRs)对自身抗原的反应(中枢假说)。然而，对人类自身免疫的研究几乎没有提供支持中心假说的证据。在这里，我们研究了 HLA 等位基因对高度多样化的 CDR3(CDR3)的 TCR 组成的影响，cdr3能够提供抗原识别。我们观察到了意想不到的强烈的 HLA-cdr3关联。最强的相关性发现在 hla-drb1氨基酸位置13，该位置介导了多重自身免疫性疾病的遗传风险。我们鉴定了多个 cdr3氨基酸特征，这些特征富含 HLA 风险等位基因。此外，HLA 风险等位基因促进的 cdr3特征在候选致病性 TCRs 中比对照 TCRs 更加丰富(例如，类风湿性关节炎患者的瓜氨酸表位特异性 TCRs)。总之，这些结果提供了支持中心假说的遗传学证据。

开发Harmony这个算法的大佬的实验室出品
immunogenomics/cdr3-QTL: Trans-association between HLA and TCR-CDR3 (github.com)
cdr3-QTL/example_cdr3QTL_v2.ipynb at main · immunogenomics/cdr3-QTL (github.com)