空间轨迹向量场2

作者，Evil Genius

最近呢，有同学反应文章空间轨迹向量场中的代码跑不通，今天我看了一下，原来是SPATA2更新了，函数transformSeuratToSpata被SPATA2给抛弃了(把最重要的空间坐标给弄丢了),采用了新函数asSPATA2，所以代码也要进行更新，其实更新的也很简单。

library(ggplot2)
library(Seurat)
library(SPATA2)
library(dplyr)

source('runVectorFields.R')
source('plotVectorFields.R')

####脚本放在最后

x = readRDS(Seurat.spatial.rds)
y = transformSeuratToSpata(seurat_object = x, sample_name = 'FT',assay_name = 'Spatial')  ###需要添加坐标的对象

yy = SPATA2::asSPATA2(x,sample_name = "FT",image_name = "image",spatial_method = "Visium")   ####这个地方要选择对图片的名称，信息存储在rds里面

y@coordinates[[1]] = yy@coordinates[[1]]  ####把空间坐标给添加上

####这个时候我们把需要分析的轨迹基因、通路或者细胞类型进行分析，这里以CD3D为例

data = runVectorFields(y,'CD3D')

head(data)

然后继续往下跑就可以了，source的代码跟文章空间轨迹向量场是一致的。

plotVectorFields(data,'CD3D')

其中的颜色，点的大小都可以更改，选择自己喜欢的搭配，当然了，我这里是拿一个基因作为展示，更为有生物学意义的是细胞类型和信号通路，照猫画虎就可以了（就把对应一个的基因值替换成你想要的细胞类型分数或者通路得分）。

附上source的代码

• runVectorFields.R