美文网首页消灭虫子单细胞分析tips
pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息

pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息

作者: 纷纷不可诉 | 来源:发表于2023-10-19 15:26 被阅读0次

pyscenic在通过loom文件读入单细胞数据运行,最后会生成所有的文件,包括最后一步AUCell的结果,但是实际提取时会发现regulon信息的缺失,The attribute 'Regulons' is not available in this loom file. The loom doesn't contain regulon information,如下:


auc.loom中regulon缺失

重新查看log文件,会发现运行过程中出现了报错,AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'split',可能loom文件和pyscenic版本之间一些不匹配导致的。

解决办法:
手动把/path/to/loompy/utils.py (见报错的log文件就可以知道这个文件在哪)第27行改成如下形式,然后重新跑一遍第三步AUCell的计算就可以搞定。

vf = int("".join(get_loom_spec_version(f)[0].split(".")))

参照:https://github.com/aertslab/pySCENIC/issues/112

相关文章

网友评论

    本文标题:pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/zbshidtx.html