PMID: 33819918
发表杂志：Aging (Albany NY)
知识点
- FRGs：Ferroptosis-related genes, 铁死亡相关基因，作者从FerrDb数据库收集256种铁死亡相关的基因。
胰腺癌数据集
| Source | Accession | Platform | Number of cases | 备注 | Country |
|---|---|---|---|---|---|
| TCGA+GTEx | PAAD | IlluminaHiSeq | 178T 169N | OS | USA |
| GEO | GSE21501 | GPL4133 | 102T | Agilent | USA |
| ICGC | PAAD | IlluminaHiSeq | 98T | OS | USA |
此处有一疑问，GSE21501是Agilent双色芯片，作者是怎么处理得到的表达矩阵，然后进行验证的？
摘要
作者根据差异表达的铁死亡相关基因，构建胰腺癌的预后模型，并用GSE21501和ICGC-PAAD进行外部验证，并求FRG signature与免疫浸润的相关性，最后用RT-PCR和HPA验证构建模型基因基因的表达。
整体思路
Fig.1
结果
1.差异分析+富集分析
Fig.2
2.模型构建及验证
作者根据TCGA+PAAD构建模型，并在GSE21501和ICGC中验证。
Fig.3
Fig.4
3.模型周边
风险评分与Cibersort评分的相关性，与免疫检查点的关系，同时对高低风险组进行富集分析。
Fig.6
4.模型基因验证
作者选取10对临床标本，进行外部验证，同时用HPA数据验证蛋白表达。
Fig.7
Fig.8
亮点
- 从FerrDb收集铁死亡相关基因，并收集临床样本验证构建模型基因的表达。
拓展
构建模型基因的分析可以展开：例如，
- 突变+CNV+甲基化；
- PPI+相关性分析；
- HPA+CPTAC+CCLE
模型构建后也可以展开：
- 靶向药物预测（Cmap+IC50预测）
- 免疫治疗反应（TIDE+submap）
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