picrust1脱坑

作者: 肖ano | 来源:发表于2020-12-22 16:44 被阅读0次

    2020-12-22
    写在前面的话:第一次做微生物实验,尝试各种分析,踩了不少坑,虽然现在picrust1大有被Tax4Fun或其他功能预测方法代替的可能,但在这里还是做一下,权当凑足工作量。

    1 数据准备

    数据要求为closed reference聚类结果,具体参考官网教程。
    http://picrust.github.io/picrust/tutorials/otu_picking.html#otu-picking-tutorial
    最后获得biom格式文件,并转化为txt文件用于下一步

    2 picrust1分析

    下载picrust1可以使用conda安装,这里图方便直接使用Galaxy
    Hutlab,网址为http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/
    【注意】txt文件可能已经有taxanomy,需要删除

    3 具体操作步骤

    参考B站小哥的操作,细致到最后作图
    https://www.bilibili.com/video/av56508559/

    2020-12-22

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