什么是嵌合体？

在PCR反应中，在延伸阶段由于不完全延伸，就会导致嵌合体序列的出现。如下图所示：在扩增序列Template1的过程中，在序列延伸阶段，只产生了部分Template1序列在延伸阶段就结束了，在下一轮的PCR反应中，这部分序列作为序列Template2的引物接着延伸，扩增就会形成Template1和Template2的嵌合体序列。通常在PCR过程中，大概有1%的几率会出现嵌合体序列，而在16S/18S/ITS 扩增子测序的分析中，由于序列相似度很高，嵌合体可达1%-20%，因此需要去除嵌合体序列。去除嵌合体可以将拼接好的Tags比对到参考数据库当中确定嵌合体，然后进行去除，这一步可以用mothur[2]软件实现。