项目名称： anamiR
项目主页：https ：//bioconductor.org/packages/release/bioc/html/anamiR.html
操作系统：独立于平台
编程语言： R
其他要求： R（> = 3.3.3），SummarizedExperiment（> = 1.1.6），Bioconductor（> = 3.4），stats，DBI，limma，lumi，agricolae，RMySQL，DESeq2，SummarizedExperiment，gplots，gage，S4Vectors
许可证： GNU GPLv2
非学术界使用的任何限制：无
anamiR的概述。带有虚线轮廓的圆角矩形以灰色显示，表示anamiR包的核心。输入数据和输出结果以绿色显示。蓝色框表示包中的两个主要工作流程。三个数据库，包括来自四个数据集（橙色框）的途径信息，来自八个预测程序（白色框）的miRNA-基因相互作用对的集合，以及两个经实验验证的数据集（紫色框）和MSigDB以黄色圆柱显示
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图2
anamiR包中提出的工作流程。（a）一般工作流程提供六个步骤，包括标准化（可选），差异表达分析，miRNA名称转换（可选），相关性分析，数据库交集和功能分析。可以使用mRNA和miRNA表达数据从工作流程中鉴定miRNA-基因相互作用对和相应富集的途径。（b）执行功能驱动的分析工作流程以鉴定显着失调的途径并使用全基因组表达谱获得潜在的miRNA-基因相互作用对。蓝色显示的每个框表示anamiR包中的一个函数。输入数据和输出结果以绿色显示。黄色圆柱表示用于查询的数据库，数据集集的数量显示在括号中
除了一般的工作流程中，anamiR包提供调用的功能驱动的分析另一个工作流程（图（图2b）。2 B）。用户可以选择感兴趣的生物学功能/途径来进行这些综合分析。分析相应功能途径中的所有基因，没有基于其统计P值的过滤。这种方法不仅可以减少获得答案所需的测试次数，还可以考虑适度的基因表达变化，即使它们没有达到统计学意义。
原创： 小伍说事 医知圈
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