满族人在入关之前，在严寒地段生存，天花喜热，那时候的满族人感染天花的几率很低。正因如此，他们自身对天花的免疫力也极其低下，一旦感染天花容易死去。
天花让众多的皇帝、皇后、太后丢了性命，在没有很好的医疗技术下，皇帝们只有采取“避痘”和祈神两种方法来躲避天花。
康熙在二岁时便得了天花，只好由乳母抱出宫去避痘，天花让康熙从小失去天伦之乐，而在八岁时又眼睁睁看着天花夺走了自己父亲的性命，康熙怕极了天花，但是这位少年皇帝依旧想要打败天花。
一、康熙时代的种痘术
康熙虽然很害怕天花，但是他还是下定决心要与天花作斗争。未入关时满族很少得天花，而汉族在之前便经常得天花，对于天花的治疗要比满族先进。种痘之术并非是康熙那个年代才出现，其实在宋代时便有人痘术了，只不过当时知道这个方法的人很少，被当做秘方没有公布，一直到了明隆庆年间才得以公诸于世。但是满族人一直在塞外自然不知道有人痘术这样的方法。好在康熙发现了种痘术。
康熙知道人痘术后便要要求下面先做试验，如果试验成功再将种痘术带入大内，给皇子皇孙种痘。当时的满族贵族对天花是唯恐避之不及，怎么都想不明白要自己主动是感染天花，所以种痘的人比较少。不过，康熙也算有眼光，在他的大力坚持下，种痘术才慢慢的被推广，使得满人免受天花之苦。
当时，清朝的种痘之术有两派，一派为湖州派，另一派是松江派。两派在在种痘时有些许不同，他们在选取痘苗时有不同，湖州派选“痘之极顺者”取他们的痘痂作为苗，而松江派选择“种痘之痂为苗”。湖州派和松江派在种痘的时间上也有所不同，湖州派对种痘时间有所限制，一般在秋分之后开始，小满之前就不在种痘，但是松江派则可以常年种痘。
但是，比较两派的种痘之术，其实松江派的种痘之术更为高明，是当时最先进的种痘方法。他们的流程十分科学，就像现在的疫苗一样。整个过程可分为：选苗、收苗、贮苗、选下苗吉日、下苗。
松江派对于选苗是十分讲究的，一般会选择身上、手上和腰部到脚之间的位置的痘作为苗，但是绝对不能选择手心、脚底、乳 尖和肚脐等位置的痘。
收苗：选定好苗后，就要开始收苗，收苗也十分讲究，不能太早，也不能太晚。如果收苗太早会有伤疤，如果收苗太晚就又来不及，所以收苗要看痘的成熟情况来定，需要有丰富的收苗经验。
贮苗：收苗时，如果刚好遇到有人需要种痘，那么刚收的苗便可以种下，但是如果收苗后暂时没有人需要，也可以将它保存起来，等到需要用时再将痘苗取出使用，这点十分重要，就像现在的疫苗一样，可以随取随用。存储的过程中也是十分讲究，并非随便选个地方放好。
要用干的竹纸包好，然后在写好这些痘苗是从哪位孩子身上取下，标好孩子的出生年月和姓名，在将用竹纸包好的痘苗放入干净的瓷瓶中，并在存放于阴凉处。痘苗的保质期也要根据当时的季节来定，不同时节，痘苗的保质期也有所不同。天气冷时，痘苗保质期稍长，一般在冬天时，痘苗可以保存一个月，而到了秋天的时候，痘苗保质期只有半月，到了夏天，保质期便只有一周左右。
下苗：当痘苗收集完成，要使用时，就要进行下苗。在康熙时代，种痘有两种，一种是将痘痂研磨细，然后往里面加入冰片、樟脑这些物质一起弄碎。之后将粉末吹入要种痘的孩子的鼻子当中去，这种称为旱苗法，另一种与之对应的称为水苗法。水苗法需要将痘痂与奶水或者水搅拌混合，再用棉签蘸取液体，将沾了液体的棉签塞入种痘者的鼻子中。
棉签一般要塞10-12小时才可以取出来，所以在塞棉签时要注意，不能塞的太深也不能太浅。由于塞的时间较久，如果塞的太深容易弄伤鼻子，如果塞的太浅就容易掉出来。
松江派与湖州派相比，松江派的技术较为成熟，安全性也比较高，毕竟种痘也是让正常人轻微感染天花，如果种痘技术不好还是会让种痘者一命呜呼，特别是为皇子皇孙种痘时，医生们都冒着生命危险，一不小心项上人头不保，直到种痘成功悬着的心才会放下。
康熙对于坚持使用种痘的方法为当时科学抗痘做出了巨大贡献，他从皇宫推广到民间，在推广到漠北等地，大 大减少了天花的发病率。
二、雍正与乾隆的大力推广
到了雍正和乾隆时期，他们也都继续推广康熙时代的种痘术，雍正知道种痘对于预防天花很有成效，也经常会以南方利用种痘术取得的成效为例子，在皇宫和民间推广种痘术。
而乾隆本就崇拜自己的祖父，他对于种痘术的推广比雍正更加积极。在乾隆十二年，乾隆下令御医认真研读《痘瘆不求人》这本医书，并整理出治痘良方。御医业良玉不负圣恩，研究出了三幅良方，推广民间使用。正式经过乾隆的进一步努力，天花的防治医术又进一步提高。
乾隆还特意派御医为镶黄旗、正白旗和镶红旗的儿童接痘，御医也是基本可以安全的将痘苗接种到儿童身上。
这里值得注意的是，种痘的一般都是孩子。种痘并不是任何人都可以，一般选择满百日到十三四岁之间的健康活泼的孩子进行接种，如果孩子的年纪超过十五岁一般不会轻易接种。年龄太大反而可能会有危险。
三、皇子的种痘过程
不过就算是种痘的危险较小，但是如果是为皇子种痘时，要经过皇帝审批，选定良辰吉日才可以，
乾隆在为当时是十五阿哥的嘉庆皇帝种痘时过程极为复杂。
当时两岁多的永琰，身体健康，活泼可爱，正式符合种痘的条件，太医院种痘科的医生就向乾隆禀告，可以为永琰接种痘苗。为此，钦天监和内务府根据十五阿哥的生辰八字选择了良辰吉日，乾隆御批之后这事便初步定下，乾隆特意为此事任命内务府总管专门负责此事。之后，再将吉时告知皇太后、皇后、十五阿哥的生母。
为十五阿哥种痘的场所也是要张灯结彩，营造出热闹的氛围，等到了吉时皇后和十五阿哥的生母先到祭祀的地方进行祭拜，祭拜痘神娘娘。为十五阿哥种痘的几位医生也要祭拜。祭拜完毕后，在祭祀桌前请出疫苗植入十五阿哥的鼻子之中。之后仪式告一段落。
植入疫苗后，就等着十五阿哥打喷嚏，当第一次打喷嚏时，服侍阿哥的太监便会兴冲冲的前去报告，因为打喷嚏就意味着疫苗在鼻内成活了，种痘算是成功一半。如果第二天检查时，阿哥的身体较好，陆续打十几次喷嚏那么种痘情况算是顺利。
之后，每天御医都会为阿哥检查几次，直到最后成功为止，成功之后又是祭拜各种天神娘娘。
种痘术的发现和推广，让满族人减少了对天花的恐惧，也让天花发病率减少，也正是康熙、雍正、乾隆三位皇帝的积极推广，清朝的种痘制度也逐步建立起来，为后世的防痘做出了积极贡献。
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