TMHMM 2.0--蛋白质的跨膜结构域预测

如何预测一个蛋白是否具有跨膜螺旋（TMH）？

蛋白结构决定蛋白功能，利用生物学在线软件工具TMHMM Server,v.2.0版本是蛋白质跨膜螺旋的在线分析工具。
TMHMM是由丹麦理工大学生物序列分析中心CBS负责维护。TMHMM使用了最先进的复杂的隐马尔可夫模型Hidden Markov Models数学模型来预测跨膜区域。

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM
Stps：选择文件或将蛋白序列的faste格式复制粘贴到序列框中，Output format保持默认→ Submit提交

TMHMM 2.0界面.png IMAGE.png

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Length: 蛋白质序列的长度；
Number of predicted TMHs: 预测出的跨膜螺旋数量；
Exp number of AAs in TMHs: 跨膜螺旋氨基酸残基数量的期望值（超过18个，可能含跨膜螺旋或者含有信号肽）；
Exp number, first 60 AAs: 蛋白前60个氨基酸中跨膜螺旋的氨基酸量的期望值，如果这个数字超出几个，N端预测的跨膜螺旋可能是信号肽；
Total prob of N-in: N-term位于膜细胞质侧的总概率；
POSSIBLE N-term signal sequence: 当“Exp number，first 60 AAs”大于10时产生的警告。

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IMAGE.png

横坐标轴表示提交蛋白序列对应的氨基酸残基序号;
纵坐标轴的数值为横轴上每个氨基酸位于膜内测（inside）、膜外侧（outside）和跨膜螺旋区(TMhelix)的概率值。
Note：图中的红色矩形为跨膜螺旋结构；蓝色线段是位于膜内的结构，而红色线段是位于膜外的结构

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Reference：
基迪欧生物