CD-search --蛋白的保守结构域分析

作者: Han_zh | 来源:发表于2020-05-13 11:18 被阅读0次

CD-search --蛋白的保守结构域分析
如何利用NCBI预测基因的结构域和保守位点
NCBI-cdd保守结构域预测
如何使用SPDE进行基因家族分析---蛋白结构域、启动子元件、保
基因家族分析四(绘制基因家族motif图)
生信步骤｜MAFFT结合HMMER进行多序列比对和基于隐马模型的
SOPMA--蛋白二级结构预测
蛋白保守结构域和进化树
基因家族分析(3) ggplot2绘制基因结构图
蛋白物理化学性质及结构域预测

预测蛋白质结构域（Conserved Domains）在线分析工具：
◆ NCBI Conserved Domains：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi
粘贴fasta格式氨基酸序列-Submit
◆SMART:
http://smart.embl-heidelberg.de/
选择NORMAL MODEL→ 粘贴氨基酸序列
◆ PredictProtein:
http://www.PredictProtein.org/
◆ prosite
http://prosite.expasy.org
Pfam
http://pfam.sanger.ac.uk/

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CD-search --蛋白的保守结构域分析
预测蛋白质结构域（Conserved Domains）在线分析工具：◆ NCBI Conserved Domain...
如何利用NCBI预测基因的结构域和保守位点
1. 使用CD-Search工具来可以鉴定蛋白质或者核酸序列内的保守结构域或功能单位。该工具位于NCBI中。具体我...
NCBI-cdd保守结构域预测
利用NCBI当中的CD-search工具预测基因的保守结构域 CDD[https://www.omicsclass...
如何使用SPDE进行基因家族分析---蛋白结构域、启动子元件、保
在进化树建完后，需要对序列的结构进行分析。这里需要区分两个概念，即蛋白结构域与保守结构域，它们两个不是一回事。从上...
基因家族分析四(绘制基因家族motif图)
一：搜索其他保守蛋白结构域需要准备的文件有：NBS蛋白序列，TIR.hmm和RPW8.hmm 二：拟南芥NPS基...
生信步骤｜MAFFT结合HMMER进行多序列比对和基于隐马模型的
蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列，那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域...
SOPMA--蛋白二级结构预测
▲蛋白质性质和结构分析：序列相似的蛋白质具有相似的三维结构不同蛋白质中相同的结构域（domain）具有相似的功能▲...
蛋白保守结构域和进化树
常规的MEME和进化树可视化，以及其它基因结构/注释信息结合进化树可视化，TBtools已经做的很好https:/...
基因家族分析(3) ggplot2绘制基因结构图
本节我们继续来进行基因家族数据可视化的第3节教程，通过ggplot2绘制一个富有美感的基因结构图&蛋白保守结构域图...
蛋白物理化学性质及结构域预测
蛋白物理化学性质分析 ORF Finder 亚细胞定位在线多序列比对信号肽预测跨膜结构域预测二级结构分析 ...