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下载SRA数据(二)

下载SRA数据(二)

作者: 茶与生信2021 | 来源:发表于2020-10-20 10:07 被阅读0次

上一篇图文中介绍了最简便实用(个人认为)的SRA下载方法。第二篇介绍在服务器上使用NCBI官方的下载软件下载SRA的方法。(来源公众号:茶与生信)

软件:SRA-toolkit和aspera

(1)服务器中下载sra-tookit

wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6/sratoolkit.2.9.6-centos_linux64.tar.gz

或者直接从NCBI官网下载并上传至服务器

image

(2)解压

tarxzvfsratoolkit.2.9.6-centos_linux64.tar.gz

解压即可使用,非常方便。

为了更方便的使用,可以将软件加入环境变量中

(3)输入命令下载

prefetch-vSRR5416978--max-size40G

如果出错,要安装aspera

安装步骤

(1)下载解压

wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gztar -xvf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz

(2)运行sh脚本

shaspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh

在sh运行完了之后,aspera的安装过程也就完成,非常简单。

完成之后,会在~目录下生成.aspera目录,软件所需文件均在这个文件夹下。

将这个目录加到环境变量中。aspera也可单独使用进行sra下载,有机会在做详细介绍。

然后重新使用prefetch下载即可

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